生物信息学学习框架:基础知识、技能提升与职业规划

首先声明:

个人观点,仅供参考。

这是一篇系统学习生物信息学的经验总结,适合那些有志于从事生物信息学工作的人。如果你只是有一两批数据要分析,并不计划从事生物信息学专业工作,我的建议是:

  1. 自己使用云平台分析数据。现在有很多在线的数据分析平台,功能都非常全面,比如:usegalaxy.cn 生信云平台。

  2. 顶多学一下R,看有没有写代码的天赋。

  3. 找朋友帮忙。

  4. 找合作者。你负责自己擅长的,不擅长的部分找人合作。

  5. 花钱。

不要因为某个专业热门就一股脑地去加入,而是要根据自己的实际情况慎重抉择。很多时候,选择大于努力。

以下是全文。


看透了如此多的秘密,我们已停止相信尚有不可知之物。然而,那不可知之物却仍然坐在那里,冷静地舔着自己的嘴唇。

——H.L. Mencken

尽管人类已把航天器送出太阳系,奔向了无尽的宇宙。而人类的眼睛,借助天文望远镜早已延伸到亿万光年之外。尽管蕴藏在原子内部的巨大能量已被发现并加以利用。但时至今日,人类对自身的了解,才刚刚起步。

一、生物信息学:源起

人类基因组计划(Human Genome Project,HGP),是人类下定决心认识自己的开始。这是一项可与阿波罗登月媲美的宏伟工程,它的目标,就是测定人类的基因组序列。随着计划的开展,产生大量的基因组数据面临分析困难,计算机辅助分析的手段不断被开发出来,进而形成了一门专业的学问——生物信息学。

下面是人类血红蛋白的一个 beta 亚基(HBB)的基因序列。这种序列类似于一副扑克牌,但只有不同的 4 张,分别是 A、T、C、G。所有核酸都是由这 4 张牌不同的排列组合而成。比如人类基因组中这样的牌有 30 亿张。生物信息学是处理海量序列数据的利刃,是遨游数据海洋的一叶扁舟。

>NM_000518.4 Homo sapiens hemoglobin subunit beta (HBB), mRNA
ACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACTCCTGA
GGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGC
AGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATG
CTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGC
TCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGAT
CCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCA
CCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCA
CTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTTCTATTAAAGGTTCCTTTGTTCCCTAAGTCCAACTACTAAACT
GGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAGCATCTGGATTCTGCCTAATAAAAAACATTTATTTTCATTGC

参考:为什么说生物信息学是真正的大数据专业?

二、生物信息学:全景

生物信息学的应用领域非常广泛。小到细胞,大到生命之树,只要是生命,就有核酸,只要有核酸,就有测定序列的需求。

因为核酸是遗传信息的载体,遗传信息描绘了生命的蓝图。种瓜得瓜,是男是女,都由遗传信息决定。

测定核酸序列,才能从源头上探索生命的奥秘。当然我们也要小心还原论,认为只要测定序列就可以知道生命的所有秘密。但是对一个生命的研究,没有其核酸序列显然是不完整的。

我们可以从三个视角来总结生物信息学的应用领域,分别是:

  • 细胞

  • 生物体

  • 生命之树。

我专门有一篇文章介绍:生物信息学:全景,在此不展开。

三、从菜鸟到专家

1. 职业前景

生物信息学作为交叉学科,既要生物学知识,又要数理知识,还要编程。很多初学者往往感觉无从下手,产生畏难情绪,这是对自己的定位不清楚的结果。

我把生物专业人员的职业发展分成三个方向:

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