转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括 mRNA, lncRNA,small RNA 等,本文简要介绍常见的 mRNA 和 lncRNA 的分析内容,可以看到二者之间许多分析内容是相同的。
mRNA
初级分析
数据质控:去掉接头污染和低质量序列;分析批次效应;去除批次效应;
序列比对:统计测序深度及覆盖度
计算表达量:Raw counts / FPKM / TPM
变异检出:SNV / InDel / Fusion / 可变剪切
次级分析
表达量聚类热图
差异表达分析
基因集的富集分析
肿瘤免疫微环境(Cibersort/Timer)
蛋白质互作网络
WGCNA
lncRNA
初级分析
数据质控:去掉接头污染和低质量序列;分析批次效应;去除批次效应;
序列比对:统计测序深度及覆盖度
计算表达量:Raw counts / FPKM / TPM
区分 mRNA 和 lncRNA
次级分析
表达量聚类热图
差异表达分析
基因集的富集分析
Novo lncRNA 的发现
lncRNA 靶标预测
lncRNA-mRNA共表达分析
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