Microbiome：杨树内生和根际微生物组结构

欢迎点击「宏基因组」关注我们！专业干货每日推送！

概述

Beckers, B., et al. (2017). Microbiome 5(1): 25.  题目为：白杨内生和根际微生物组在不同生态位存在特异的群落结构。

这篇文章分析了白杨树不同区域的细菌组成和差异，数据量和样品量规模极小(均不到目前10分左右文章的10分之一)，16S分析也非常中规中矩(只有最基本的多样性和物种分类)，而且没有任何后续实验，但在今年还能发这么好的杂志，大家可以一起分析一下原因。

摘要

材料方法：取根际土、根、茎和叶内组织进行16S扩增子分析

目的：分析不同生态位的细菌群落结构

结果：相比内生菌，根际微生物组结构更稳定；不仅发现了根际和根的差异，而且继续研究了茎和叶中的内生菌。而且每一个植株也有独立的生态位。最终鉴定了杨树不同生态位的核心细菌。

结论：理解杨树复杂的宿主与微生物互作，为解释原核和真核相关的植物修复应用、可持续农业和次生代谢物产品提供理论基础。 

结果大纲

• 生成OTU表

• Alpha稀释曲线和多样性

• Beta多样性

• 每种Compartment中的核心菌成员

表1. 测序结果质控统计

先确定来自非细菌16S(古菌、叶绿体和线粒体)，每一种生态位中singltetons的比例，以及在门水平仍无法分类的结果；发现根际土中singleton的比例高。

图1. 每种生态位(Compartment)中每株白杨绘制稀释曲线

A 根际土、B 根、C 茎、D 叶。展示测序的饱合情况，同时展示不同生态位的差异(Y轴坐标不同，即Alpha多样性差别很大)，还有每颗树间也有较大的差别(图中的每条线代表来自一棵树的样品)

图2 Alpha多样性

图2. 箱线图展示细菌群体的Alpha多样性。四个箱体分别代表根际土(Rhizosphere soil)、根内生菌(Root endosphere)、茎内生菌(Stem endosphere)、叶内生菌(Leaf endosphere)。

(A) 采用Observed OTUs方法估计OTU丰富度(richess)，即有多少物种；

(B) 采用Pielou方法估算OTU的均匀度(evenness)，即各OTU相对丰度间关系；是一种常见enenness指数算法，计算方法是将Shannon-Wiener熵除以OTU数量的自然对数；一般生态学领域比较关注，功能研究者更关注最终的差异OTU；

(C) 使用反向Simpson指数计算多样性(diversity)，是mothor中的方法，来自dominance指数的变形，而dominance计算为每个OTU比例平方再求合，与shannon的方法类似，原理是想用一个数代表整体群体中每个OTU的数量和丰度信息(richness和evenness)，我更常用Shannon方法；

差异分析：整体上使用ANOVA统计，存在显著差异，P<0.0001；图中字母代表组间组间Turkey两两比较的结果，相同字母的箱体代表组间无显著差异，而不同字母组间存在显著差异；有时会出现同一组出现2个字母的情况，是一种过渡状态，与这两个组均无显著差异。

图片优点：(A) Observed OTU数量展示使用了截断图，因为根际土中微生物数量是非常大的，而内生菌种类很少，使用截断图减少图中留白更加美观；不同种组织的颜色选用与实物相近，使人产生亲切感(根深棕，茎浅绿和叶深绿)；

图片解读：根际土中细菌近千种；根中内生只有2-3百种(也有可能根没洗干净，技术上不容易区分根表还是根内)；茎和叶百种左右(其中部分也可能只是来自于表面或污染)；此外结果的排列给人传达了由外到内，由上到下有特种数量下降的趋势；

图3. Beta多样性:主成分分析和层级聚类样品

A. 主成分分析PCA各样，发现在平面上主要分为三类：根际土、根、茎和叶。并把主要的OTU差异用向量显示出来，也叫loading plot。可以看到每类中主要显著富集的OTU，相当于差异OTU分析，但缺少统计。
B. 基于Bray-Curtis距离的层级聚类，也明显将样品按生态 位/取样部位分为三大类，表明通常不同生态 位间的差异明显，远大于样品间的差异。而茎和叶间差别不大。

图4. 各样品OTU在门水平分类的相对丰度柱状图

图中展示了每个Compartment的每个样品门水平的相对丰度；其中Proteobacteria由于组比较大，也将其分成了apha, beta, gamma, delta, epislon五类展示；高丰度的前7类用彩色显示，其它低丰度的门用灰色显示。

图5. 全部样品中高丰度的OTU

此图采用iTOL生成；图中间为OTU的进化树；每个菌的种名按门水平上背景色，表明分进化关系与分类结果一致性很好；外圈的柱状图为其相对丰度值。

总结

文章分析很常规，样本量也不大，但是描述和结果很清楚，Taxonomy堆叠图将所有样品均展示出来，表现数据最原始的样子，值得学习。

有时最原始、最简单的结果，反倒是更好的。

Reference

Beckers, B., et al. (2017). “Structural variability and niche differentiation in the rhizosphere and endosphere bacterial microbiome of field-grown poplar trees.” Microbiome 5(1): 25.

猜你喜欢

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘  

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读