如何随意截断ggplot2图像的y轴？

gg.gap诞生记

“站长，小站工具qPCR在线分析功能非常好，但有些基因的表达量太高了，图做出来值非常大，能否想prism那样把y轴做个截断呢？”

面对的疑问，站长最开始并没有想到去开发一个R包解决。
ggplot2以及依赖它开发的包已经丰富，原以为在网络搜索一下肯定有解决方案，但谁曾想这样的需求真的没有找到完美的解决方案。
为了完善这个看起来很平常的功能，站长决定亲自操刀去写个包。

路不平，大神助

一年的Coding经历，面对处理图形函数还是有点困难的。
不管三七二一，画个草图先：

思路很简单，就是先按照y轴切，然后用cowplot去拼接。
一顿野路子代码操作，beta版出来了：gg1gap和gg2gap这两个包只能完成bar图y轴切割，而截断数最多也就只能两段。

小站VIP群中的树神（微信ID:一棵树）精通R包制作，为了让野路子出来的代码更完善，拉上树神一起干，不仅实现截取多个截断，还可以对任意ggplot2对象进行截断，再不断测试修补bug之后，gg.gap终于在今天这个有意义的日子正式上线CRAN。大家可以通过下面的代码进行安装。

install.packages("gg.gap")

都能切什么图，切几段

理论上，ggplot2的图都能切，想切几段切几段。

以Bar图为例

切一段

切两段

切三段

切N段

切散点图

切折线图

切Boxplot+jitter

#installinstall.packages("gg.gap")data(mtcars)library(ggplot2)p<-ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +    geom_bar() +    ggtitle("Number of Cars by Gear") +    xlab("Gears")
#single segments and missing tick_widthgg.gap(plot=p,       segments=c(5,10),       ylim=c(0,50))#tick_width can be one or more numbersgg.gap(plot=p,       segments=c(5,10),       tick_width = c(1,10),       ylim=c(0,50))#segments list cantains more than one number vectorsgg.gap(plot=p,       segments=list(c(2.5,4),c(5,10)),       tick_width = c(1,0.5,10),       ylim=c(0,50))#rel_heights can set the relative height for segments and segmented y-axisgg.gap(plot=p,       segments=list(c(2.5,4),c(5,10)),       tick_width = c(1,0.5,10),       rel_heights=c(0.2,0,0.2,0,1),       ylim=c(0,50))#reversed y-axisp<-ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +    geom_bar() +    ggtitle("Number of Cars by Gear") +    xlab("Gears")+    scale_y_continuous(trans = 'reverse')#single segments and missing tick_widthgg.gap(plot=p,       segments=c(10,5),       ylim=c(15,0))#add.legendlibrary(ggplot2)mtcars$gear <- factor(mtcars$gear)bp <- ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +    geom_bar() +    ggtitle("Number of Cars by Gear") +    xlab("Gears")gg.gap(plot = bp,       ylim = c(0,16),       segments = c(6,8))add.legend(plot = bp,           margin = c(top=1,right=1,bottom=1,left=460))

猜你喜欢

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘  

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读