Nature子刊 | 地下水固碳速率与寡营养海洋系统固碳速率相近

题目：Carbon fixation rates in groundwater similar to those in oligotrophic marine systems

发表杂志：Nature Geoscience

发表时间：2022年6月30日

第一作者：Will A. Overholt

通讯作者：Kirsten Küsel

影响因子：21.531

DOI：https://doi.org/10.1038/s41561-022-00968-5

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41561-022-00968-5

摘要

陆地次表层中几乎包含了地球上所有的淡水储备，并且拥有着地球上大部分的原核生物量。尽管基因调查表明，这些生物依赖于原位固碳，而非地表环境中光合作用产生的有机碳，但对次表层固碳的直接测量仍然缺乏。本研究使用超低水平的14C标记技术估计了碳酸盐含水层的原位固碳速率。研究发现，该速率与寡营养海洋表层水体的固碳速率相似，比真光层底部的固碳速率高6倍。本实验测定的固碳速率与硝化速率规律相一致。宏基因组分析发现了一种丰度很高的未知的Nitrospiria目的化能自养成员，其可能是固碳过程的主要微生物。根据实验测定的固碳速率，我们保守推断全球碳酸盐地下水的初级生产量（占全球储量的10%）为每年0.11 Pg碳。该速率在寡营养海洋表层水体的固碳速率范围内，表明原位初级生产对次表层生态系统过程有很大贡献。我们也认为，正如光合作用对海洋生物地球化学循环的贡献，这种次表层中的固碳过程对其营养网络同样具有潜在的基础性作用。

背景

陆地次表层是地球上最大的碳库，包含了地球19%的总生物量以及99%的淡水。尽管现代地下水（过去50年来蓄水层中累积的部分）只占总储量的6%，但它却是饮用水最重要的来源。仅碳酸盐岩溶含水层就提供了近10%的饮用水。然而，现代地下水也最容易受到人为和气候影响。长期以来，虽然次表层生态系统一直吸引着生态学家以及微生物学家，但可达性、巨大的空间异质性和解释过程速率测量的挑战，使得人们对其在全球生物地球化学循环中贡献的认识相对匮乏。

人们对地球生物圈深入次表层的广泛认识是最近才出现的。历史上，人们认为这种环境中的碳供应仅限于从地表产生的有机物滴入浅层地下或储存在沉积岩中。与之形成鲜明对比的是，大量基因证据表明，无论是浅层还是深层，原位固碳过程对于维持地下水中高度多样化的微生物代谢网络都至关重要。尽管有基于基因调查的基础，但证实这种推论、限制生物地球化学通量、了解系统动力学并将过程纳入区域和全球模型所需的实验性的过程测量尚未有报道。本研究使用一种新的放射性碳方法测定固碳速率，并将其置于全球地下水的背景下讨论。

研究结果

1. 地下水固碳速率与海洋水体相近

实验得出浅层地下（5-90米深的地下水井）的固碳速率为0.043–0.23 μg C L^-1 d^-1。研究采用的超低水平¹⁴C标记方法利用了加速器质谱法的高敏感性，从而尽可能减少对地下水水化学平衡的影响，并缩短了培养周期。该方法在碳酸盐地质环境中特别有用，在这种环境中，由于溶解无机碳（DIC）浓度更高，微生物丰度较低，此方法相比基于闪烁的¹⁴C标记方法灵敏度更高。正如在海洋系统中已经报道过的，这种新标记技术产生的速率更接近净初级生产力而非总生产力。此速率是固碳的保守估计，因为只考虑了群落中浮游生物的贡献。

本研究将不同生物地球化学特征的地下水中测定的的固碳速率与瑞典结晶基岩的一个地下水钻孔（深830-1078米）的固碳速率进行了比较。为此，研究将已发表的同位素掺入速率转换为碳当量，揭示了较低但重叠的范围0.0095至0.0560 μg C L^-1 d^-1。

图1. 含水层的固碳速率和宏基因组潜力

为了更好地理解所测量速率的相关性，本研究将该速率与文献记载的寡营养海洋表层水的固碳速率进行了比较。与地下水样本不同，这些海水中固定的碳几乎完全来自细菌光自养生物。与由参考文献编译的综合数据集进行比较时，本研究测定的固碳速率与全球海洋水体在140米深度的固碳速率重合，相当于0-20米深度报告的全球固碳速率中位数的10%（2.65 μg C L^-1 d^-1，四分位（IQR） = 1.74, 6.02）和20-140米深度固碳速率中位数的20% (1.2 μg C L-1 d-1, IQR = 0.6,1.7)，与百慕大大西洋时间序列研究(BATS)和夏威夷海洋时间序列（HOTs）数据集中广泛研究的马尾藻海相比结果类似（图2）。本研究速率测量范围占上部光照区（下降到~120米）净初级生产力中位数的3%-23%，为下部光照区（100-120米）中位数的20%-600%。

本研究还考虑了对现有颗粒有机碳（POC）存量以及每个微生物细胞计数的新碳输入的贡献。对估计的细菌细胞总数归一化之后，地下水每个细菌细胞每天产生0.3–10.8 fg固定碳，这与海洋透光带（5-150米）每个细菌细胞每天0.25-12.1 fgC的估计值相匹配。然而，地下水每天的碳输入量仅为现有POC的0.47%±0.22%，远低于海洋系统在底层真光区的2.6%±2.9%和表层的22%±18%。这种差异可能源于与寡养海洋相比，地下水中POC的顽固部分占比更高，地下水POC总浓度的¹⁴C和¹³C特征与常驻微生物的脂质特征相比的偏差支持了这一点。

图2. 地下水与海洋真光层固碳速率的比较

2. 一个由化能无机自养生物主导的生态系统

为了识别主要的微生物初级生产者，从地下水样品中产生了1,224个宏基因数据组装的基因组（MAGs）。其中，确定了102种假定的化能无机自养生物，其固碳途径完成度至少为50%（图3）。这些MAGs几乎完全是细菌(101个)，来自17个不同的phyla，21个classes和35个families。在一些样品中，高达12%的宏基因组reads可以映射到这些潜在的化能自养的MAGs中。Nitrosopumilaceae科的一个MAG编码3-HP/4-HB途径的基因产物，且并不是相对丰富的(<5倍最大归一化覆盖率)。

检测到三种化能无机自养途径（图1b）：CBB, W-L和rTCA途径分别存在于37, 50和15个MAG中。具有这些代谢途径的MAG的总和与归一化的相对覆盖率与H52，H32和H14井中测得的固碳速率一致，同时与H41和H43井的固碳速率数据形成对照。在有氧井H41和缺氧井H52中，预测的化能自养微生物的相对丰度最大。缺氧地下水以硫氧化和厌氧氨氧化自养微生物为主，而含氧地下水则含有更丰富的潜在硝化细菌。

3. 未知微生物影响着CO2固定潜力

缺氧地下水组装的MAGs所代表的最丰富的化能自养微生物种群来自很少研究或未被描述的微生物谱系。然而，含氧地下水中最丰富的化能自养微生物种群在系统发育和代谢上与已知的微生物相类似。在这两种情况下，代谢重建表明，优势亚群可以获得一系列不同的有机电子受体和供体。本研究将先前生成的转录本映射到这些MAGs，以确认参与能量获取和固碳的基因产物的活性表达。与基于脱氧核糖核酸（DNA）丰度所确定的广泛分布不同，转录数据揭示了更严格的范围，在这些范围内，特定的基因产物占优势（图3）。鉴于其代谢多样性和基于之前培养的分析结果，这些种群可能是混合营养的（能够用可用有机质补充碳需求）。总的来说，缺氧地下水中的固碳过程预计会受到还原硫的推动，并且发现了三种高度丰富的假定的硫氧化MAGs，每种占一些样本中总宏基因组reads的2%以上（100–400×归一化覆盖率）。喀斯特岩石的黄铁矿风化释放了多种促进这些代谢的还原硫。

图3. 推测的化能自养型MAG的系统发育、相对丰度和转录活性

本研究中发现的最丰富的MAG（H51-bin250-1）属于Nitrospira纲的深分枝序9FT-COMBO-42-15，是被认为通过W-L途径固碳的Nitrospira纲的第一个代表（图3、图4a）。由于Nitrospirota门中有优先利用W-L途径的细菌，而Magnetobacterium细菌具有同样灵活的代谢特征，因此这些特征在该门内可能比以前认为的更广泛。此外，两种可能通过CBB循环将硫氧化与固碳过程耦合的MAGs被鉴定为变形菌门Sulfurifustaceae科的成员（H32-bin014、H32-bin069）。这些MAGs反贴的转录本丰度是其Nitrospirota对应序列的10倍，是检测到的转录最活跃的推定化能无机自养基因组之一（图3、图4）。由于其最接近的参考基因组为Sulfuricaulis limicola和Ca.muprotobacteria，该科的分类学身份仍存在争议。根据基因组分类学数据库（GTDB）分类命名法，Muproteobacteria属于Sulfurifustaceae科，该科的成员在水生和陆地环境中都可以氧化还原性硫。

预测通过W-L途径将厌氧氨氧化与固碳过程耦合的Planctomycetota菌群MAGs表现出与其Sulfurifustaceae MAG对应物相同的平均转录活性（图3和4c）。CBB和W-L途径内基因产物的转录活性升高表明，相对于其基于DNA的丰度而言，这些分类群在化能自养固碳过程中发挥着更重要的作用。令人惊讶的是，检测到的所有假定的厌氧氨氧化MAGs在含氧地下水中均具有转录活性（图3、图4b；H41和H51井）。尽管微生物在低氧环境中仍会表达至关重要的基因，厌氧氨氧化反应通常在有氧的情况下受到抑制。

4. 基于N的速率测定验证固碳速率

为了评估缺氧地下水中厌氧氨氧化和固碳过程之间的关系，本研究比较了厌氧氨氧化细菌相对丰度最大的井（H52井）的速率。这里，厌氧氨氧化速率为1.2±0.5 nmol L^-1 d^-1 N₂，与另一个淡水蓄水层中的速率相近。化学计量数据表明，厌氧氨氧化每0.066摩尔CH₂O_0.5N_0.15还原为生物量，就会产生1.02摩尔N₂。假设相同的化学计量比，通过厌氧氨氧化在地下水中的固碳速率为0.93±0.39 ng C L^-1 d^-1，比测量的220 ng C L^-1 d^-1低200倍以上。这一结果得到了宏基因组数据的证实，表明缺氧地下水中的高固碳速率更可能是由还原硫而非还原氮驱动的。

宏基因组和宏转录组数据预测，H41井在好氧条件下产生的几乎所有有机碳都将与硝化作用耦合。为了验证这一点，本研究监测了该井中的好氧氨氧化速率，平均速率为125.8±5.9 nmol NO₂^– +NO₃^– L^-1 d^-1。由于检测到的最丰富的硝化菌与完整的氨氧化菌关系最为密切，本研究基于每摩尔氨生长394 mg蛋白质的计算结果，计算出了一种comammox菌，即Nitrospira inopinata的氨生长产量。假设细胞组成为C₅H₇O₂N并具有55%的蛋白质含量，本研究估计其速率为48.5±1.9 ngC L^-1 d^-1，在我们测量速率43±13 ngC L^-1 d^-1的误差范围内，证实了在该站位硝化作用对于固碳过程的重要性。此外，为寡营养海洋rTCA硝化菌测定的化学计量比为0.0216 mol C/mol N，与我们计算的比率0.0276±0.0084相匹配，表明它们负责大部分固碳过程。

5. 全球地下水初级生产力的估计

据估计，地球上有2260万km³的地下水，其中226万km³和1.266亿km³分别位于碳酸盐和结晶含水层中。如果假设本研究的平均速率能够准确代表碳酸盐地下水系统，那么在这个全球生态系统中，每年可固定0.108±0.069 PgC。如果结晶含水层报告的数值代表了这种环境，那么每年将固定0.15±0.11 PgC。总的来说，地球上约66%的地下水库的净初级生产力将达到每年0.26 PgC，约为海洋系统的0.5%和全球净初级生产力的0.25%。由于这些预测未纳入硅质碎屑和火山地质环境中地下水的贡献，预计全球地下水对碳循环的贡献将高出数倍。

图4. 优势化能自养型MAG的谢重建

本研究表明，对碳酸盐含水层中固碳速率的保守估计达到了寡营养海洋地表水中报告的中值速率的10%，是在底层透光带速率的六倍。在含氧地下水中，本研究的固碳速率测量方法通过测定硝化速率独立验证。通过估算的细菌数量对固碳速率进行归一化，结果表明，尽管在海水中每日新POC输入量是地下水的40倍，海洋和地下水系统的碳输入量相当（每个细胞0.3-12 fgC）。这种差异是有道理的，因为次表层环境的营养网络更简单，有机物的输出受到水在含水层内长时间停留的限制。宏基因组分析表明，地下水固碳并非由单一的功能群体主导，而是由不同的途径和具有环境特异性的多种微生物所贡献。由于海洋系统中的大多数光合作用产生的碳不稳定（半衰期<1天），本研究的发现提出了关于地下碳循环的新假设，特别是微生物群的主要食物来源是新合成的碳而非来自表层有机物的假设。事实上，需要将地下初级生产者视为生态系统过程中的重要生产者，正如已知海洋光养生物在表层海洋中的地位一样。将固碳速率应用于生态系统过程改变了人们对环境的认知，挑战了地表有机物通量对浅层地下功能的重要性，并建立起一个广泛适用于整个地下水系统的框架。

通讯作者

- Kirsten Küsel -

德国生物多样性综合研究中心

德国耶拿大学生物多样性研究所

水生地质微生物学

主要研究方向为：次表层微生物学、铁循环细菌的化学相互作用、稀土元素驱动的C1代谢、北极河流的温室气体排放以及叶围微生物学。实验室主页：https://www.geomicrobiology.uni-jena.de/

发表文章118篇，总被引8885次，H指数50。

Reference: Overholt W A, Trumbore S, Xu X, et al. Carbon fixation rates in groundwater similar to those in oligotrophic marine systems. Nature Geoscience(2022). DOI: https://doi.org/10.1038/s41561-022-00968-5

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