ISME J | 昆士兰大学水中心郭建华团队揭示细菌介导乙烷和丁烷厌氧氧化过程

最新推荐文章于 2025-04-18 07:04:15 发布

刘永鑫Adam

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版权

细菌介导的新型硝酸盐驱动的乙烷和丁烷厌氧氧化

Nitrate-driven anaerobic oxidation of ethane and butane by bacteria

Article, 2024-01-10, The ISME Journal, [IF 11]

DOI：https://doi.org/10.1093/ismejo/wrad011

原文链接：https://academic.oup.com/ismej/article/18/1/wrad011/7512816

第一作者：伍孟雄，李洁，赖春宇

通讯作者：赖春宇，郭建华

通讯单位：澳大利亚昆士兰大学

- 成果简介 -

短链气态烷烃（乙烷、丙烷和丁烷）是天然气重要组成部分（可高达20%），释放到大气层中会对空气质量和气候有着负面影响。微生物在好氧及厌氧条件下均能利用短链气态烷烃，该过程对于减少短链气态烷烃的排放发挥着重要作用。能够在好氧条件下利用短链气态烷烃的微生物已有很多报道，但厌氧氧化的微生物过程尚有很多研究空白。课题组前期在《Nature Communications》首次报道了一种新型丙烷厌氧氧化耦合硝酸盐还原的细菌，并命名为‘Candidatus Alkanivorans nitratireducens’。然而，乙烷和丁烷的厌氧氧化微生物能否利用硝酸盐作为电子受体，尚未可知。此外，目前报道的乙烷厌氧氧化微生物仅限于古菌，细菌理论上可通过延胡索酸（fumarate）加成反应活化乙烷生成乙基琥珀酸（ethylsuccinate），这种代谢产物也在烷烃丰富的环境中被广泛检测到。然而，能够进行乙烷厌氧氧化的细菌截止目前从来没有被发现和证明。

近期，昆士兰大学水中心郭建华团队在《The ISME Journal》发表了题为“Nitrate-driven anaerobic oxidation of ethane and butane”的研究论文。研究通过富集培养、同位素标记实验、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组和代谢产物鉴定技术，首次证实‘Ca. A. nitratireducens’细菌可通过延胡索酸加成反应完成乙烷和丁烷厌氧氧化耦合硝酸盐还原，并揭示了其代谢机制。该研究由昆士兰大学水中心郭建华团队，昆士兰科技大学Gene Tyson团队和德克萨斯大学埃尔帕索分校李林团队等联合完成，昆士兰大学水中心郭建华团队博士后伍孟雄，博士生李洁和浙江大学赖春宇研究员为论文共同第一作者。

- 重要结果 -

首先，研究人员设置了两个富集培养反应器，采用污水处理厂活性污泥和厌氧消化污泥为接种物，并分别提供乙烷和正丁烷为电子供体，硝酸盐为电子受体。两个反应器都进行了1000多天的富集培养。通过对富集培养物进行质量、电子平衡实验，证明所有的硝酸盐最终被完成转换成氮气和氨氮，而乙烷或丁烷厌氧氧化产生的电子主要用于硝酸盐的还原（图1）。同位素标记实验发现¹³C-标记的乙烷和丁烷最终转化成¹³C-标记的二氧化碳，而¹⁵N-标记的硝酸盐被还原成¹⁵N-标记的氮气和氨氮（图1）。

图1 质量、电子平衡和同位素标记实验证明厌氧乙烷或丁烷氧化与硝酸盐还原的耦合过程（选自原文）

研究者进一步通过Illumina和Nanopore宏基因测序以及混合组装方法，在两个反应器中均拼接出了‘Ca. A. nitratireducens’的完整基因组。通过比较基因组学发现，乙烷和丁烷反应器中的‘Ca. A. nitratireducens’与之前丙烷反应器中富集出的硝酸盐型丙烷厌氧氧化细菌的ANI和AAI都超过99.5%，证明三个反应器富集出了同一种‘Ca. A. nitratireducens’细菌。此外，乙烷和丁烷反应器的微生物代谢产物分析分别检测到了Ethylsuccinate和Butylsuccinate两种代谢产物（图2a，b），证实乙烷和丁烷氧化是通过alkylsuccinate synthase alpha subunit（AssA）介导的延胡索酸（fumarate）加成反应来完成的。进一步通过宏转录组和宏蛋白组分析，揭示了‘Ca. A. nitratireducens’利用硝酸盐为电子受体完成乙烷或丁烷厌氧氧化的代谢途径（图2c）。如图所示，该微生物具有完整的乙烷或丁烷氧化到二氧化碳，硝酸盐还原成氨氮的代谢途径。此外，它还具有还原NO到N₂O以及N₂O到N₂的代谢通路，证明了它在氮气产生中发挥的重要作用。

图2 乙烷和丁烷反应器代谢产物测定以及‘Ca. A. nitratireducens’的FISH图片和完成乙烷及丁烷厌氧氧化的代谢途径（选自原文）

研究团队在‘Ca. A. nitratireducens’基因组中发现了三个参与短链气态烷烃氧化的关键酶AssA，于是进一步通过Structural modelling和molecular dynamics的模拟试图理解三个不同AssA的潜在功能。结果发现，AssA1不能与延胡索酸和乙烷、丙烷、以及丁烷稳定地结合，而AssA2和AssA3都可以（图3a-f）。这一结果与RNA表达结果一致，AssA1的表达量很低，而AssA2和AssA3在三个反应器中均较为活跃（图3g），说明AssA2和AssA3可能是短链气态烷烃催化氧化的关键酶。

图3 AssA关键酶的molecular dynamics模拟和在三个反应器中的RNA表达量比较（选自原文）

为进一步验证‘Ca. A. nitratireducens’确实能够以硝酸盐为电子受体完成乙烷，丙烷和丁烷的厌氧氧化，研究团队对三个反应器进行了底物交叉验证实验。结果表明，当乙烷反应器的富集培养物电子供体切换成丙烷或丁烷，能够立即观察到丙烷或丁烷的氧化耦合硝酸盐还原的现象（图4a，b），另外两个反应器也是同样如此（图4c-f）。因此，该研究证实了‘Ca. A. nitratireducens’具有代谢多样性，能够完成三种短链气态烷烃的厌氧氧化。

图4 乙烷，丙烷和丁烷反应器的底物交叉验证实验（选自原文）

- 重要意义 -

本研究首次发现了乙烷和丁烷厌氧氧化耦合硝酸盐还原的微生物过程，也首次证明了细菌亦可完成厌氧乙烷氧化，拓展了短链气态烷烃厌氧氧化的微生物多样性。此外，此前发现的其他细菌和古菌均只能完成1-2种气态烷烃的厌氧氧化过程，‘Ca. A. nitratireducens’是目前发现的唯一一种能够完成三种短链气态烷烃厌氧氧化的微生物。由于生态系统中硝酸盐的普遍存在以及石油天然气开采造成的短链气态烷烃的释放量增加，厌氧短链气态烷烃氧化耦合硝酸盐还原这一之前被忽视的过程，可能在自然界碳氮循环中发挥着重要作用。

参考文献

Mengxiong Wu, Jie Li, Chun-Yu Lai, Andy O Leu, Shengjie Sun, Rui Gu, Dirk V Erler, Lian Liu, Lin Li, Gene W Tyson, Zhiguo Yuan, Simon J McIlroy, Jianhua Guo, Nitrate-driven anaerobic oxidation of ethane and butane by bacteria, The ISME Journal, Volume 18, Issue 1, January 2024, wrad011, https://doi.org/10.1093/ismejo/wrad011

- 作者介绍 -

第一作者

澳大利亚昆士兰大学

水中心

伍孟雄

博士后研究员

伍孟雄，现为澳大利亚昆士兰大学水中心博士后研究员，合作导师为郭建华教授，主要研究方向为甲烷及短链气态烷烃氧化微生物过程及其在水体修复中的应用，目前已在Nature Communications, The ISME journal, Water Research, Environment International等期刊上发表多篇研究成果。

李洁（博士）

毕业于昆士兰大学水中心

李洁，博士毕业于昆士兰大学，博士期间主要研究课题为利用多组学技术解析工程水系统中微生物生态学代谢网络。目前在Nature Communications, The ISME Journal，Environmental Science & Technology和Water Research等期刊合作发表论文10余篇。

通讯作者

浙江大学

环境与资源学院

赖春宇（共一作者）

研究员

赖春宇，浙江大学环境与资源学院“百人计划”研究员，入选国家级青年人才计划、省级海外引才计划，曾担任昆士兰大学水中心研究员。主要研究方向包括新型污水低碳处理技术和工艺、新功能微生物富集和调控、材料-微生物耦合水处理技术等。获得了澳大利亚昆士兰高级工业界奖等20余项奖项。以第一/通讯作者发表多篇论文，包括The ISME Journal 、Environmental Science & Technology 和Water Research15篇。担任Frontiers in Microbiology编委，Chemical Engineering Journal Advances和《能源环境保护》青年编委。

澳大利亚昆士兰大学

郭建华

教授

郭建华，澳大利亚昆士兰大学教授，昆大水中心副主任。分别于2012年和2017年荣获澳大利亚研究委员会DECRA和Future Fellowship。研究领域主要包括耐药基因在环境中的传播与控制、新型生物脱氮技术、环境新型污染物的治理与控制、反硝化型甲烷及短链气态烷烃厌氧氧化，以及水工程系统中微生物生态学，主持和参与多项澳大利亚科研基金项目。已出版专著1部，合作出版章节2章，发表SCI论文200余篇，其中1篇PNAS、1篇Nature Communications、12篇The ISME Journal，以及70多篇论文发表在Environmental Science & Technology和Water Research上。论文引用次数11400余次，H指数57。指导的博士生中有18人获昆士兰大学博士学位，现指导博士研究生10余名和6名博士后。担任Journal of Hazardous Materials和Water Science & Technology期刊Editor，Water Research期刊Associate Editor。

- 附：招聘启事 -

PROFILE

赖春宇

浙江大学环境与资源学院

研究员

赖春宇，博导，浙江大学环境与资源学院“百人计划”研究员，入选国家级青年人才计划、省级海外引才计划，曾担任昆士兰大学研究员。2017年毕业于浙江大学，2018-2022年在昆士兰大学水与环境生物技术中心从事博士后研究并担任研究员。

主要研究方向：新型污水低碳处理技术和工艺；新功能微生物富集和调控；材料-微生物耦合技术等。

主持国家科技部政府间国际科技创新合作专项、浙江省“海外引才计划”创新长期项目、浙江省重点项目、澳大利亚昆士兰工业界高级项目等，获得了澳大利亚昆士兰高级工业界奖等奖项20 余项。以第一/通讯作者发表多篇论文，包括The ISME Journal 、Environmental Science & Technology 和Water Research 15篇。担任Frontiers in Microbiology编委，Chemical Engineering Journal Advances和《能源环境保护》青年编委。

邮箱：laichunyu@zju.edu.cn

个人主页：https://person.zju.edu.cn/0022006

一、招聘岗位

博士后研究人员2-3名
方向需求：水污染控制生物技术、材料学、微生物基因组学等相关研究方向。

二、应聘要求

国内外高校毕业的环境工程、环境化学、环境微生物学、材料等相关学科的博士毕业生；
具有扎实的相关学科基础和学术能力，能独立开展具体的科研任务，在国际刊物上至少发表SCI论文1篇及以上；
具有良好的学术道德、沟通能力和较强的团队合作精神。

三、岗位待遇

工资及福利待遇按浙江大学博士后相关规定执行，课题组视工作绩效提供科研奖励；
可申请租住教师公寓或申请学校的额外租房补贴；
提供良好的科研条件，支持申请国家自然科学基金、“博新计划”；
支持参加国内外环境和能源领域相关会议，并有机会前往昆士兰大学等合作单位学术交流或联合培养；
实验室经费充裕，将提供稳定的工作环境与一流的研究平台，协助申报博士后相关项目，并根据兴趣与需求支持个人的职业发展。

四、联系方式

有意向者请将个人简历发送至laichunyu@zju.edu.cn，主题注明“博后应聘+毕业学校+本人姓名”。
收到材料并初审后，我们会尽快与申请人联系。此博士后招聘信息长期有效，招满为止。

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