用一个题目理解rnaseq

这个题目是转载别人的，原出处没能找到，原作者看到可以联系删除。

当时在做这个转录组分析之前不太了解这个到底是什么，但是跟着流程完成了，也得到了结果，但是还是有很多问题不太明白。看到下面这个问题后稍微有了一些自己的理解。

用一个题目理解rna-seq

假设有一个物种非常的小，仅仅只有三个基因： A, B, C，并且这三个基因都转录本长度分别为10bp, 100bp, 1000bp. 你想通过两个不同的条件下研究该物种，分别是野生型(WT)和热激后(HWEAT)。
由于神秘力量，你知道在WT条件下，基因A的表达量是基因B的表达量的两倍，你还知道在WT和HEAT两个条件中只有一个基因发生了变化（其他基因不变），并且该变化能用目前研究手段中检测到。
你为了找那个在WT和HEAT里不同的基因，非常激动的去做了一次没有重复的RNA-seq实验。由于你很激动，所以不小心把样本混在了一起，而且混了比HEAT处理多一倍WT的DNA量。不过好消息是样本还是能够分开的，毕竟加了barcode。最终结果就是你测了2倍的WT DNA和一倍的HEAT。
问题：你需要准确的用read覆盖情况来表征根据上述给的条件。数字不重要，你可以随便写，重点是这些数字能够表征基因的表达情况。请用实际的数字来替代下面的问号部分

问题

思考题：当你觉得你选择的数字能够回答上面的问题，那么再来想想下面的题目，如果你能回答所有问题，那么那就理解RNA-seq是如何工作的啦。

• 由于你在仪器里放了两倍WT材料，你是如何区分出你的样本？
• 每个条件下，每个基因的CPM是多少？
• 每个条件下，每个基因的RPKM是多少？
• 每个条件下，每个基因的TPM是多少？
• 你怎么知道基因在WT样本中，基因A的表达量真的是基因B表达量的两倍？
• 你能知道WT和HEAT处理中表达量发生变化的基因嘛？
• 当前面的3X2的位置的“？”都有了正确的值，这个问题也是可解决的嘛？
  然后，你可以再想想：
• 你需要测多少的read，才能让CPM有一个不错的数值？
• 你需要测多少的read，才能让RPKM有一个不错的数值？
• 你需要测多少的read，才能让TPM有一个不错的数值？