RNAseq数据分析--RNA-Seq数据质控

最新推荐文章于 2022-12-07 18:20:36 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 数据分析 人工智能
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RNA-seq数据质控

  • 在数据分析之前，需要对数据质量控制
  • 数据质控指标

  1. 碱基含量分布（应该满足碱基互补配对）
    111

  2. 碱基质量分布

质量值>=Q20 : 好碱基
质量值<Q20: 坏碱基
Aq

  • 测序质量软件
    fastaqc

测序数据处理

1234

  • adapter接头
    adapter
  • 去除N碱基过多的reads
    resale
  • 去除低质量
    低质量
    如下图所示，低于20的值转为0；高于20的值转为1；计算0的个数占比高于30%，那么去掉该reads
    1121述
  • 数据过滤，注意是pairend的reads
    数据过来
  • duplication 重复（针对DNA）
    duplication
  • RNAseq中的duplication问题
    在dep片描述在这里5描述
  • 在RNA-seq测序中（与DNA测序不同）
    reads

RNAseq测序FAQ

  1. 优势
    111
  2. 测序平台比较
    在这222片描述
  3. mRNA的纯化分离方法
    333
  4. 转录组测序的样品要求
    444
  5. 反转录引物
    在这里插入图片描述
  6. FFPE样品建库测序
    FFPE
Drone_xjw
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专栏目录
RNA-seq流程学习笔记（9）-使用RSeQC软件对生成的BAM文件进行质控
垚垚爸的博客
06-04 8988
参考文章： 用RSeQC对比对后的转录组数据进行质控 高通量测序质控及可视化工具包RSeQC RSeQC使用笔记 在A survey of best practices for RNA-seq data analysis里面，提到了人类基因组应该有70%~90%的比对率，并且多比对read（multi-mapping reads）数量要少。另外比对在外显子和所比对链（uniformity of read coverage on exons and the mapped strand）的覆盖度要保持一致。 R
RNA-Seq数据分析流程
bio_meimei的博客
11-03 1万+
文章目录RNA-seq 数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据质控数据质控，过滤低质量reads，去接头比对首先下载参考基因组及注释文件，建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引reads的比对情况统计计数 counts差异基因分析 RNA-seq 数据分析流程 相关软件安装 可以安装 conda,在后续其他软件安装时非常好用。可自行百度进行安装 可根据文献调研，转录组数据分析所需软件列表： 质控 fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt
RNA-seq 详细教程：样本质控（6）
冷冻工厂
12-07 1304
学习目标 了解计数数据变换方法的重要性了解 PCA (principal component analysis)了解如何使用 PCA 和层次聚类评估样本质量 1. 质控 DESeq2 工作流程的下一步是 QC，其中包括样本和基因程度上，以对计数数据执行 QC 检查，以帮助我们确保样本或重复看起来良好。 QC 2. 样本QC RNA-seq 分析中一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性： 哪些样本彼此相似，哪些不同？这是否符合实验设计的预期？数据集中的主要变异来源是什么？ 为了探索样本的相似性，
RNA-seq做数据质控
Yuan_CHarLoTTe的博客
06-10 701
本次我利用ky老师的数据进行第一次RNA-seq分析流程训练，本次的样品为DIPG4-3,4各两组 RNA-seq做数据质控 1.使用fastqc命令对数据进行质控 首先进入存有数据的目录中，并对目录进行变量命名 dir=/f/xudonglab/yuanye/projects/kongyu/RNA_seq/2021_02_22 使用fastqc命令进行数据质控 (base) yuanye@DNA:~/projects/kongyu/RNA_seq/2021_02_22$ fastqc -t 4 -o
RNA-Seq数据分析，质控，STAR比对步骤
zengwanqin的博客
04-04 5909
一、需要下载的软件 fastqc、multiqc、star GitHub上STAR的网站：https://github.com/alexdobin/STAR STAR 我下的软件是2.6.1a版本的，自己根据需要下载合适的版本。 wget -c https://github.com/alexdobin/STAR/archive/refs/tags/2.6.1a.tar.gz tar -xzvf 2.6.1a.tar.gz#解压 chmod -R 755 STAR-2.6.1a#给执行权限
RNA-Seq分析笔记
shy_321的博客
06-28 232
RNA-Seq分析笔记 数据 数据下载 数据质控 转录本定量 差异分析 数据准备 PCA作图 差异基因计算 热图 富集分析 可变剪切 全部内容在语雀里，懒得复制过来了。打开 链接查看
RNA-seq分析
Cassiel60的博客
04-19 2518
最近发现这个网站的博客不合适放很多文件的项目，所以需要结合github一起来记录。 第一次做RNA-seq，是完全按照这篇文章（PMID:27560171）进行跑流程的，虽然刚开始做的时候不是很懂，但是做完了整个流程（Hisat2+Stringtie+Ballgown）后，就明白了。 下载：Hisat2+Stringtie+Ballgown GFF 工具 这是17年就做好的分析，所以可能...
高通量测序数据分析：RNA-seq
热门推荐
qq_41134363的博客
06-20 2万+
深度测序相关数据库与数据格式 SRA toolkit 一、NCBI 和EBI、DDBJ组成INSDC，数据内容相同所以找NCBI就行。 （一）NCBI常用数据库 GenBank：遗传序列数据库，收集了所有公开的DNA序列及其注释 GEO (Gene Expression Omnibus) ：收集整理各种表达芯片数据，后来加入了甲基化、lncRNA、miRNA、CNV等其他芯片，还有高通量测序数据...
linux分析rna-seq,RNA-seq 分析流程（一）linux部分
weixin_39620984的博客
05-13 1466
Step1:软件安装数据资源下载，参考基因组及参考转录组(linux)gtf ，genome，fa质控，需要fastqc及multiqc(linux)trimmomatic，cutadapt，trim-galore对比(linux)star,HISAT2,TOPHAT2, bowtie,bwa,subread计数(linux)featureCounts，htseq-counts,bedtoolsn...
RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结
Dzfly
09-12 1276
转录组分析的学习路线、实战项目、学习经验、学习总结。
RNA-SEQ的上游分析及数据处理
acetyl_coa1741的博客
07-08 729
RNA-SEQ的上游分析及数据处理
RNA-Seq HISAT+ HTSeq + DESeq2流程 及测序深度和质控问题讨论
闲敲棋子落灯花
06-09 2022
数据基于BGISEQ500 SE50 clean data约1.XG，20+M reads。 SE50 20M是否够？ 对基因定量足够。理由：1，测序饱和度（随reads数增加，检测到的基因数随之上升。但当测序量达到一定区间后，基因数变化不明显）。 2，如果要检测isoform等信息，需要PE150或PE100（6G数据），但仅仅定量SE50 20M已经够了。1，FastQC质控 FastQC -t 2 XX.fq.gz ’per base sequence content’几乎每个样本前15碱基
测序中Q20 Q30 Q40
weixin_34343689的博客
01-09 3981
你能给别人讲清楚这个概念吗？ 二代测序中，每测一个碱基会给出一个相应的质量值，这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13，错误率为5%，20的错误率为1%，30的错误率为0.1%。行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比。例如一共测了1G的数据量，其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20，那么Q20则为90%。         Q20值是指的测序过程碱基识别（Base...
Fastqc 碱基质量分布图
weixin_34203832的博客
04-06 2016
横坐标代表每个每个碱基的位置，反映了读长信息，比如测序的读长为150bp,横坐标就是1到150； 纵坐标代表碱基质量值， 图中的箱线图代表在每个位置上所有碱基的质量值分布， 中间的红线代表的是中位数 用黄色填充的区域的上下两端分别代表上四分位数和下四分位数； 箱线图最上方的短线代表90%，最下方的短线代表10% 蓝色的线代表平均值 背景色从上到在下依次为green, orange, ...
RNA-seq数据分析
yiyaaaaaaaa的博客
03-02 7512
一、数据收集 1.NCBI GEO数据库收集相关RNA-seq数据 样本信息以及引用文献可以点击对应链接查看 2.SRA Run Selector 查看数据单双端类型（SINGLE or PAIRED)及分组信息 可以点击Accession List下载对应的SRR_Acc_List.txt 二、RNA-seq 处理流程 使用HISAT, StringTie and Ballgown处理流程 <一>下载并解压SRA文件 1.根据下载的SRR_Acc_List.txt下载原始sra文件至SRR
RNA-seq数据分析——质量控制和预处理的软件
qq_43176678的博客
05-02 1166
质量问题通常来源于测序本身或前面的文库制备。 它们包括可信度低的碱基、序列特异性差的偏差、3’/5’位置偏差、聚合酶链反应（PCR）假象、未修剪的接头，以及序列污染。 这些问题可能严重影响参考作图、组装及表达的估计，但这些问题很多可以通过过滤、修剪、纠错或偏差订正被矫正。 有些问题不能被纠正，但在解释结果时至少应该意识到它们。 读段的质量检查工具包括 FastQC 和 PRINSEQ，它们检查若干个质量指标，并提供可视化的报告。PRINSEQ软件包还提供过滤和修剪功能。 FastQC FastQC可以
文献RNA-seq复现第3期——数据质控、序列比对及sam文件的处理
qq_53971833的博客
08-29 1634
RNA-seq数据质控、序列比对及sam文件的处理
rnaseq数据分析R语言
最新发布
05-30
在RNA-Seq数据分析中，R语言可以帮助我们进行数据清洗、差异表达分析、通路分析等操作。以下是RNA-Seq数据分析中R语言常用的一些包及其功能： 1. edgeR: 用于差异表达分析和基因表达量归一化。 2. DESeq2: 用于差异...
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