2020.12.10【读书笔记】丨Survey二代数据质控

• 为什么进行Survey 分析？
  • Survey方案
    • 通过质控 、 NT 比 对，获得高质量的 clean data ，为后续分析奠定良好基础。
    • 基因组 Survey 基于小片段文库的低深度测序数据（ 50X 左右
    • 通过 K mer 分析，有效的评估基因组大小、 GC 含量、杂合度以及重复序列的含量等信息；
    • 全面了解某一物种基因组特征的有效方法；
    • 为后续的全基因组 de novo 测序的组装策略的制定提供理论依据。
    • 
  • 基因组的复杂程度预估
    • 1.普通基因组的定义？
      • 单倍体，纯合二倍体或者杂合度< 0.5%，且重复序列含量 < GC 含量为 35% 到 65% 之间的二倍体。
    • 2.复杂基因组的定义？
      • 杂合率＞0.5%，重复序列含量 50%，多倍体 GC 含量处于异常的范围（