2021.01.18丨sRNAnalyzer分析流程

• 最近接到一个miRNA的分析项目，经过网上初步的一个工具搜索，选择了本地分析工具sRNAnalyzer进行比对和统计miRNA分类，使用在线分析工具miRWalk预测了miRNA的Target Gene。本篇文章是对sRNAnalyzer工具使用的一个梳理，对使用过程中遇到的一些问题进行注释。
• 软件说明文档链接：http://srnanalyzer.systemsbiology.net/start.html
• 在安装sRNAnalyzer之前，我们需要预安装三款软件，这些使用conda/miniconda都可以自动安装
  • fastx_toolkit、cutadapt、bowtie #不是bowtie2

  • conda install fastx_toolkit cutadapt bowtie #遇到报错可以一个一个进行安装

     

• sRNAnalyzer安装环境
  • Make sure you have python 2.6 or later and perl 5 or later installed
  • python2.6及以上版本；perl5及以上版本
• sRNAnalyzer