2021.3.20丨Cutadapt数据统计脚本

• 摘要
  • 在使用sRNAnalyzer分析miRNA时，会调用到Cutadapt进行去接口。该过程的结果也将通过报告被记录下来。然而，报告作为单个样品的结果统计，没有对所有样品进行汇总，不方便客户统计查看。因此，我写了一个简单的统计脚本，用于抓取Cutadapt结果报告里的基本信息。
  • 需要获取的基本信息
    • 
• 材料与方法
  • python版本：Python 3.8.5
• 使用代码

  • import re
    import os
    newfile_name = 'Cutadapt_stat.txt' #生成输出文件夹名
    newfile = open(newfile_name,'w') #打开输出文件夹，准备录入信息
    for root,dirs,files in os.walk(r"./"): #读取当前路径所有文件
    for file in files:
    if ".trimmed_Cutadapt.report" in file:
    #筛选文件名并且获取文件路径
    #p