2021.04.09丨使用featurecount进行定量处理

• 摘要
  • 接到一个个性化分析，客户发了一个文档，明确了分析流程以及使用工具。其中定量环节要求使用featurecount工具。平时我都是使用htseq-count进行定量，因此，在这里记录一下新工具的使用步骤和遇到的一些小问题。
• 软件版本
  • featureCounts(subread) v2.0.1
• 使用说明
  • 安装featureCounts
    • 该工具属于Subread软件中的定量工具，另外subread还可以进行比对和寻找SNP位点，在这里就不详述了。我们要做的就是安装Subread

    • conda install subread

       

  • 安装成功后即可使用featureCounts命令进行定量，关于featurecount工具的参数说明，这里推荐featurecounts的使用说明 - 简书 (jianshu.com)一文，讲得非常详细了。我这里主要说两个重点参数。
  • -t：指定feature的类型，默认是exon，当然熟悉gtf格式的小伙伴知道一般还有gen