2021.03.30丨使用python提取与合并指定列

• 摘要
  • 最近优化RNA-seq，在定量环节后，需要汇总各样品的count值生成一份总表，然后转换成FPKM值。之前使用的是组长写的perl脚本，奈何自己实在是看不懂，并且之后为了加入到snakemake流程中也只支持python。于是，今天使用python对这部分进行了重写。
• 环境配置
  • python：3.8.5
• 使用代码

  • import re
    import os
    import pandas as pd
    newfile_name = "../02.align/htseq/all_count.txt"
    newfile = open(newfile_name,'w')
    all_count = pd.DataFrame() #建立空白数组
    for root,dirs,files in os.walk(r"../02.align/htseq/"): #遍历各样品count文档
    for file in files:
    if ".count" in file:
    #print(os.path.join(root,file))
    count_file = pd.read_csv(os.path.join(root,file),delimiter='\t',header=None, usecols=[0, 1]) #以数组形式打开count文档
    fi