2021.08.06【微生物】丨提取excel字符串制作metadata表格

摘要

最近开始接手16S项目，遇到一个原始问题，就是制作样本的统计文档和metadata文件。微生物动辄几十上百个样品，一个一个整理是不现实的。目前在手动制作metadata文件时用到几个excel的参数，在此记录一下。

数据准备

上图展示了部分样品信息，这两列分别是样品名和细分分类标签，其中细分分类标签又有三个含义。BBH19 = BB（样品位置）+ H (个体状态，这里是健康) + 19 （采集年份）。客户提出要求，除了进行细分分类分析，还要按照样品位置和个体状态进行分组分析。接下来我们使用excel里的函数来提取分类字符串。

提取字符串

按照前面说的，我们按照样品位置、状态以及采集年份分类，需要提取前2个，中间1个以及最后2个字符。

LEFT(B2,2) #第一行是title，第一列是样品名，因此选择B2，后面参数2是代表提取从左往右数前2个字符串。
=MID(B2,3,1) #MID()代表提取中间的字符串，
             #B2：提取字符串单元格
             #3：从左往右第三个字符串开始
             #1：提取后面的字符串个数
RIGHT(B2,2) #从右往左数前2个字符串。

结果展示

总结

sample文档和metadata文档都是在使用qiime2的过程中需要用到的，并且根据不同的项目，需要在metadata中提供不同的实验设计，方面后续分析中能够分组分析。欢迎大家加群讨论。