TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵相关知识

今天，看一下TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的？

1. 导入基因型数据

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这里导入vcf格式的数据：

2. 导入表型数据和协变量

表型数据：

协变量文件：

3. 构建kinship矩阵

3.1 Centered_IBS

这种方法，应该就是VanRaden的方法，中心化的IBS亲缘关系矩阵。

构建的kinship矩阵：

R语言比较：

两者一致。

3.2 Normalized_IBS

这种方法应该就是Yang的方法：

结果：

R语言对比：

两者结果完全一致。

3.3 Dominance_Centered_IBS

这个，应该是显性中心化的IBS

结果：

R语言结果对比：

结果完全一致。

3.4 Dominance_Normalized_IBS

这个应该是显性矩阵标准化的IBS矩阵。

结果：

暂时，未找到R中对应矩阵计算的方法。

4. kinship矩阵如何判断异常

1，可以将kinship做热图聚类，查看分布，类似：

2，一般对角线<0.8，或者>1.2的个体，可以判断是离群样本，可以通过PCA看一下其分布

3，非对角线为负值，一般可以认为其为0，如果负值很大，就要看一下是否异常