进化
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生物信息学
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一文读懂进化树
一、什么是进化树 系统发育进化树 (Phylogenetic tree): 一般也叫系统进化树,进化树。它可以利用树状分支图形来表示各物种或基因间的亲缘关系。 建进化树的过程,用术语讲: 分支系统发育分析 (Molecular phylogenetic analysis): 是...转载 2021-03-19 14:21:20 · 4006 阅读 · 1 评论 -
Ubuntu安装PAML命令
tar -xzf paml4.9j.tgz #解压cd paml4.9j/rm bin/*.execd srcmake -f Makefilecp baseml basemlg chi2 codeml evolver infinitesites mcmctree pamp yn00 ../binecho 'PATH=$PATH:/TangYu/paml4.9j/bin' >> ~/.bashrc #将自己安装的路径添加到环境变量中source ~/.bashrc...原创 2020-10-26 16:14:49 · 1212 阅读 · 0 评论 -
在分子钟模型下使用贝叶斯法需要的设置
序列数据进化模型:1、碱基(蛋白质)替换模型:(1)碱基间替换速率:受类群世代长度、DNA修复机制不同等影响(2)碱基频率(3)不同位点间替换速率的分布(4)不变位点的比例2、树模型:(1)树的拓扑:导入物种树文件或来源于集成性贝叶斯软件。集成性贝叶斯软件:溯祖理论;物种形成理论(生灭模型和Yule模型)(2)枝长:分支时长:由树先验和校准信息(节点标记和端点标记(全证据法和化石生灭进程法))共同决定分支进化速率模型先验最后进行MCMC的抽样和统计分析,得出时间树和各类参数的后原创 2020-10-26 15:54:31 · 801 阅读 · 0 评论