蛋白质结构分析
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生物信息学
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快速放置和Fit同源多聚体相同化合物的两种策略
一条和多条蛋白链分别快速放置化合物的技巧。原创 2024-01-22 13:19:25 · 424 阅读 · 0 评论 -
Wincoot消除拉式图里outlier的多种策略
对于大多数拉式的outliers,正常fit可以消除下去,但经常会遇到不容易消除的残基,例如ASP, GLU, ALA等残基。需要通过合适的策略去调整。原创 2024-01-22 12:11:13 · 932 阅读 · 0 评论 -
Pymol-symmetry对称分子的展示方法
有的时候如果想要观察解析结构的其他对称单元,通常pymol比coot看起来可能会更直观一点。原创 2024-01-19 16:29:08 · 688 阅读 · 0 评论 -
Pymol-电子密度图展示方法-PDB数据库已发表结构和自己晶体解析得到的结构密度图
PyMol展示PDB数据库已发表结构和自己晶体解析得到的结构电子密度图的方法原创 2024-01-19 16:10:18 · 1898 阅读 · 0 评论 -
Pymol快速做出Surface-cartoon图详细步骤
在使用Pymol时,每当想对某个部分进行单独操作时,可以通过选中和复制该对象并重命名以后,再对其进行单独操作。原创 2024-01-18 15:15:08 · 2266 阅读 · 0 评论 -
python脚本一键重置PDB文件中蛋白的bfactor值
在晶体结构优化过程中,有时候由于蛋白的bfactor过高,蛋白链会出现大片奇奇怪怪差值密度的情况。这时候可以尝试在优化前对bfactor进行重置,奇怪的差值密度可能会有所改善。本文提供了可一键修改PDB文件中bfactor的python脚本。原创 2023-03-16 14:57:15 · 475 阅读 · 0 评论 -
Maxit: 实现PDB chain ID(s)自动重排
尤其是对于需要上传到PDB的结构,可以用它来进行蛋白链的重排,实现配体和溶剂分子(if they exist)自动位于对应的蛋白链之后的目的,无需在coot里手动调整。原创 2023-01-10 13:00:55 · 298 阅读 · 0 评论 -
三个或多个蛋白质结构的比对
之前一般只做了两个蛋白质结构的比对,打开pymol,先后导入两个蛋白质的pdb文件,然后align即可。如下图所示:当遇到需要再加一个蛋白质结构的比对时,我的第一反应也是利用pymol的align功能,但是发现与第三个加进来的结构比对时,另外一个就出去了,自己不知道如何将三个结构通过pymol叠加比对在一起。下面就介绍通过coot软件的方法针对多个结构比对的步骤:首先需要去coot官网(https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.p原创 2020-11-11 22:04:08 · 13204 阅读 · 4 评论