在分子钟模型下使用贝叶斯法需要的设置

序列数据
进化模型：
1、碱基（蛋白质）替换模型：
（1）碱基间替换速率：受类群世代长度、DNA修复机制不同等影响
（2）碱基频率
（3）不同位点间替换速率的分布
（4）不变位点的比例
2、树模型：
（1）树的拓扑：
导入物种树文件或来源于集成性贝叶斯软件。
集成性贝叶斯软件：溯祖理论；物种形成理论（生灭模型和Yule模型）
（2）枝长：
分支时长：由树先验和校准信息（节点标记和端点标记（全证据法和化石生灭进程法））共同决定
分支进化速率
模型先验

最后进行MCMC的抽样和统计分析，得出时间树和各类参数的后验分布及可信区间。