分子对接、动力学模拟
主要分享在分子对接、分子动力学模拟过程中的一些基础操作技巧以及遇到的问题和解决方案
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生物信息学
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Fatal error: number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510) does not match topology...
用gromacs做复合物动力学模拟时,运行加离子预处理的步骤完可能经常会出现如下错误:Fatal error:number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510)does not match topology (topol.top, 29680)即显示坐标文件和拓扑文件原子数目不对等的情况。我的第一反应是首先应该检查每一步的.gro文件和top文件是否正确,比如整理complex.gro时,总原子数目有没有修改,top末尾有没有添加配原创 2021-03-12 21:40:05 · 5863 阅读 · 8 评论 -
Amber进行DNA建模详细步骤
之前写过一篇关于利用Discover Studio进行DNA建模的步骤,很方便快捷,但是用它来提交到haddock进行分子对接时,由于格式不兼容,提交文件总是报错。所以改用Amber进行DNA建模。Amber中有一个专门用来进行DNA建模的工具:NAB,它属于AmberTools package的一部分,绝对路径一般在~/amber16/AmberTools/bin/nab创建一个DNA双螺旋结构分为两步:1、新建一个空白文档命名为 nuc.nad,并写入以下内容:molecule m;m = f原创 2021-03-08 21:50:16 · 2346 阅读 · 7 评论 -
Discovery Studio简介
discovery studio 简介 discovery studio是基于windows/Linux系统开发的面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境工具,服务于众多实验生物学家、药物化学家、结构生物学家等等,是非常强大且可靠的科研工具。特别是在最新的流程管理平台Pipeline Pilot基础上让数据能够共享和交流,使得我们的科研人员并不是一个人在研究,你可以和同样实用软件的用户进行交流,非常方便。 discovery studio 4.5还细分了众...转载 2020-12-05 21:52:23 · 6352 阅读 · 1 评论 -
Discovery studio使用之DNA建模
DNA建模通常是利用3D-DART, 但是现在3D-DART网站已经无法进入。如果还想用它进行DNA建模,需要通过docker container去运行它:https://github.com/haddocking/3D-DART-server/这里介绍如何利用Discovery studio软件对DNA进行建模。Tools—>Macromolecules—>Build and Edit Nucleic Acid左边设置中可以选择DNA的延伸方式(默认为向3‘端延伸),DNA类型(单链还原创 2020-12-05 21:27:58 · 2972 阅读 · 0 评论 -
Fatal error:No line with moleculetype ‘SOL‘ found the [molecules] section of the file ‘topol.top‘
在利用gromacs进行动力学模拟过程中,添加离子时出现报错信息:Fatal error:No line with moleculetype ‘SOL’ found the [molecules] section of the file ‘topol.top’而检查文件时发现topol.top正常。此时原因可能是由于拓扑文件在windows系统下处理过,行尾标记有问题。解决方案:用dos2unix工具处理一下拓扑文件。参考资料:https://www.cnblogs.com/luojinping原创 2020-12-05 20:59:20 · 2238 阅读 · 2 评论 -
sed命令抽离模拟结束后gro文件里的溶剂
在gromacs分子动力学模拟结束以后,可以将.gro文件转换成.pdb文件,然后抽掉里面的溶剂和离子进行后续的分析。可以使用sed命令抽掉溶剂分子,十分简单快捷。gmx editconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb #文件转换sed -i "/SOL/d" md_0_1.pdb #删除含有SOL所在的行最后可以再手动抽掉离子即可。...原创 2020-12-03 22:21:34 · 898 阅读 · 0 评论 -
利用高斯和Amber生成乙酰辅酶A配体的拓扑文件
最近在原创 2020-12-03 11:50:12 · 1937 阅读 · 3 评论