Pymol-symmetry对称分子的展示方法

最新推荐文章于 2025-01-02 21:19:16 发布
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分类专栏： 蛋白质结构分析 文章标签： pymol
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有的时候如果想要观察解析结构的其他对称单元，通常pymol比coot看起来可能会更直观一点。下图展示的是如何在Pymol里生成结构的symmetry：
在这里插入图片描述

Pymol高级作图技巧汇总
rogerzhanglijie的专栏
03-25 2万+
Pymol高级作图技巧汇总 一、设置背景为透明 在Pymol主菜单中选择setting->Edit All...，然后从搜索框中查找opaque_background, 将其设置为off
分子重构技术_4. 串珠模型重构
weixin_42525289的博客
12-08 1039
原文链接：https://bioxtas-raw.readthedocs.io/en/latest/saxs/saxs_bead_models.html翻译：刘广峰这是RAW-BioSAXS的第四篇。本教程介绍了根据SAXS数据重构大分子形状的串珠(虚拟原子)模型的基本原理和最佳实践。概述许多SAXS实验的预期结果是确定样品的“溶液结构”，即溶液中存在的大分子结构。不幸的是，与晶体学，c...
【PySCF学习3】-分子结构之对称性、电荷及自旋多重度
袁家瑜的博客
05-12 1669
对称性、电荷及自旋多重度点群对称性使用程序检测出的点群与子群使用对称性较低的点群自定义对称性电荷自旋多重度 继上两篇文章，介绍了分子结构中几何位置信息及基组信息的输入形式，本文章主要记录分子结构定义中的其他细节。 点群对称性 使用程序检测出的点群与子群 import pyscf mol = pyscf.M(atom = 'B 0 0 0; H 0 1 1; H 1 0 1; H 1 1 0',symmetry = True) print(mol.topgroup) print(mol.groupname)
VASPKIT使用&指南
weixin_48797293的博客
01-02 1022
ATAT (.in)
PDB文件说明
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蛋白质数据库Protein Data Bank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库，网址是http://www.rcsb.org。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件，每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号，即P...
PyMOL_Users_Manual
01-05
本文档为PyMOL的基础使用手册，旨在介绍其基本操作方法。 #### 二、版权及使用条款 - **版权**：本手册的所有权归PyMOL版权所有者所有。 - **使用条款**：用户需遵守手册规定的使用条件。 - **商标**：PyMOL及相关...
PyMOL基础操作手册
57. **get_symmetry**: 获取分子的对称性信息。 58. **get_title**: 获取分子的标题或名字。 59. **get_type**: 获取原子的类型信息。 60. **get_view**: 获取当前视图的参数。 61. **h_add/h_fill**: 增加或填充氢...
实训商业源码-橙色购物中心应用程序移动个人中心页面-毕业设计.zip
05-09
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mamba 讲解说明ppt
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05-09
关于mamba的一些内容，起源创新点等等
全国大学生电子设计竞赛介绍(20190716151135).pdf
05-09
电子设计竞赛相关资源
基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）
05-09
基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目），能够从语音中识别出四种基本情感：愤怒、快乐、中性和悲伤。个人经导师指导并认可通过的高分设计项目，评审分99分，代码完整确保可以运行，小白也可以亲自搞定，主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业，代码资料完整，下载可用。 基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统Python源码（高分项目）基于机器学习的音频情感分析系统P
BusHound-v6.0.1
05-09
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实训商业源码-Tudoucms跑腿同学-毕业设计.zip
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Post 3_ Your Channel, PRBS and the Eye.pdf
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【车联网领域】智能网联汽车产业发展行动计划（2025-2030年）：技术突破与生态构建推动汽车产业数字化转型
05-09
内容概要：本文介绍了《车联网（智能网联汽车）产业发展行动计划（2025-2030年）》的内容，涵盖发展背景、现状、目标、重点任务及保障措施。全球智能网联汽车成为汽车产业变革的核心方向，中国通过“车路云一体化”试点等初步形成全产业链生态优势。面对技术瓶颈、标准缺失、商业模式不清等挑战，中国设定了到2030年建成全球领先智能网联汽车产业体系的目标，包括L3级自动驾驶规模化商用、智能网联汽车新增产值突破1万亿元等阶段性目标。重点任务涉及技术突破（如AI、通信、芯片等）、基础设施建设（如智能化道路、云控平台等）、标准与法规完善、示范应用与商业化、产业协同与生态构建。保障措施包括政策支持、人才培育、安全保障和宣传推广。最终目标是实现经济效益、社会效益和战略意义，推动中国从“跟跑”向“领跑”跨越。; 适合人群：对智能网联汽车行业感兴趣的各界人士，包括政府决策者、企业管理人员、科研人员、投资者等。; 使用场景及目标：①帮助政府决策者了解智能网联汽车的发展方向和政策措施；②为企业管理人员提供行业趋势和发展机会的参考；③为科研人员明确研究重点和技术突破方向；④为投资者提供投资领域的指导。; 其他说明：本文详细阐述了智能网联汽车产业的发展规划，强调技术创新、生态协同和安全可控，旨在推动中国智能网联汽车产业的全面发展，为全球汽车产业变革贡献中国方案。
在PYNQ开发板上构建用于交通标志识别的卷积神经网络——附源代码与项目指南（高分作品）
05-09
项目描述：在ZYNQ的PL端部署基于HLS开发的卷积加速器和池化加速器，在PS端利用Python编程调用这些加速器完成交通标志识别。模型使用德国交通标志数据集（GTSRB）训练，精度达到97%。 文件目录说明： - HLS：包含卷积加速器和池化加速器的C语言代码。 - Train：包含训练所用的Python代码和最终模型参数文件。 - jupyter_notebooks：包含上传到PYNQ开发板上的Python代码文件和模型参数bin文件。上传后可使用Jupyter Notebook运行‘Traffic-Signs-Recognition.ipynb’进行测试，也可直接运行其他相关文件。。内容来源于网络分享，如有侵权请联系我删除。
Maxwell永磁同步电机电磁振动噪声仿真分析及优化策略
05-09
内容概要：本文详细探讨了Maxwell永磁同步电机的电磁振动噪声问题，利用Maxwell软件进行仿真分析，涵盖电磁场分布、电磁振动特性和噪声水平等方面的数据采集与分析。基于仿真结果，提出了通过调整设计参数（如线圈匝数、电流大小）和改进结构、材料等方法来优化电磁力和降低噪声的具体策略。并通过实际案例展示了优化效果，最终提升了电机的性能、运行平稳性和市场竞争力。 适合人群：从事电机设计、制造及相关领域的工程师和技术人员，尤其是对电磁振动噪声有研究兴趣的专业人士。 使用场景及目标：适用于需要深入了解Maxwell永磁同步电机电磁振动噪声机制及其优化方法的研究项目或产品开发阶段，旨在提高电机性能、降低能耗和减少噪声污染。 其他说明：本文不仅提供了理论分析，还结合具体实例进行了详细的优化实践，对于理解和解决类似问题具有重要参考价值。
商用车P2并联混合动力系统HCU控制策略解析与建模指南
05-09
内容概要：本文详细介绍了商用车P2并联混合动力系统的HCU（整车控制器）控制策略及其建模方法。首先探讨了模式切换策略，针对不同工况如车辆速度、电池电量等因素进行模式选择。接着深入讲解了扭矩分配策略，考虑到了温度变化以及坡道情况对扭矩分配的影响。此外，还讨论了能量回收策略，利用预测性制动提高能量利用率。最后提及了故障降级策略，确保系统在出现故障时能够快速响应。文中提供了多个具体代码片段来辅助理解和实施这些策略。 适合人群：从事汽车电子控制系统开发的技术人员，尤其是专注于混合动力系统的研究人员和工程师。 使用场景及目标：帮助开发者将理论性的功能规范转化为实际可用的控制模型，适用于商用车P2并联混合动力系统的开发过程中，旨在提升系统的效率和平顺性。 其他说明：建议读者在实践中不断调整和完善模型参数，以适应不同的应用场景和技术要求。同时，在构建模型时应注意保持良好的可追溯性和验证性，以便后续维护和改进。
信捷PLC与触摸屏程序助力STC四轴机械手实现高效冲压自动化上下料
05-09
内容概要：本文介绍了信捷标准化PLC程序与信捷触摸屏程序在STC四轴机械手中的应用，详细解析了程序结构及其功能特点。PLC程序包括初始化、主程序和子程序，确保机械手动作精准协调；触摸屏程序提供人机交互界面，便于监控和控制机械手的操作。两者结合使机械手在冲压上下料环节替代人工，提高生产效率和质量，适用于大批量、重复性强的作业环境。文中强调了程序的清晰注释、库文件加密的安全措施，以及机械手的定位精度、稳定性、可靠性等优点。 适合人群：从事工业自动化领域的工程师和技术人员，尤其是对PLC编程和机械手应用感兴趣的读者。 使用场景及目标：适用于需要提升冲压生产线自动化水平的企业，旨在减少人工干预，提高生产效率和产品一致性，降低故障率并保障生产安全。 其他说明：尽管库文件已加密，但不影响程序的正常编写和运行，确保了系统的安全性与稳定性。
Suspect non-symmetry in square constaint (Learn more) MATLAB里这是什么错误
01-04
### 关于MATLAB中非对称性平方约束错误的原因及解决方案 #### 错误原因分析 当在MATLAB优化工具箱中定义二次规划(Quadratic Programming, QP)问题时，如果Hessian矩阵（即目标函数中的二次项系数矩阵）不是对称的，则会触发`non-symmetry in square constraint`警告或错误。这是因为标准形式下的QP求解器假设输入的Hessian矩阵是对称的[^1]。 对于某些特定的应用场景下，即使实际物理意义表明该矩阵应该是对称的但由于数值计算过程中的舍入误差等原因可能导致其不对称；另外一种情况是在构建模型过程中人为失误造成非对称结构被引入到原本应该保持对称性的位置上去了[^2]。 #### 解决方案探讨 为了消除上述提到的问题并使程序能够正常运行下去，可以采取如下措施之一： - **强制转换为对称阵**：通过取原矩阵与其转置后的平均值来创建一个新的近似对称版本\[Q=(Q+Q')/2\]。这种方法简单易行，在大多数情况下都能有效解决问题而不影响最终结果的质量。 ```matlab H = (H + H.') / 2; ``` - **检查数据源和建模逻辑**：仔细审查用于生成此矩阵的数据以及整个数学表达式的推导流程，找出可能存在的偏差之处加以修正。这一步骤虽然耗时较长但也更为彻底可靠，有助于从根本上杜绝此类异常现象的发生。 - **利用内置选项处理轻微偏斜**：部分较新版本的MATLAB提供了专门针对这类情形而设计的功能——允许用户设定一定范围内的容忍度参数从而忽略掉那些微不足道的小幅度偏离状况。具体实现方式可查阅官方文档获取最新指导说明[^3]。 ```matlab options = optimoptions('quadprog','Display','iter',... 'Algorithm','interior-point-convex',... 'TolSymmetric',1e-8); % 设置对称性公差阈值 [x,fval] = quadprog(H,f,A,b,Aeq,beq,lb,ub,[],options); ```
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