Fatal error: number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510) does not match topology...

最新推荐文章于 2024-03-30 23:00:27 发布

yu_bioinfo

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分类专栏：分子对接、动力学模拟

本文链接：https://blog.csdn.net/yu_bio/article/details/114708633

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分子对接、动力学模拟专栏收录该内容

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用gromacs做复合物动力学模拟时，运行加离子预处理的步骤完可能经常会出现如下错误：
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510)
does not match topology (topol.top, 29680)

即显示坐标文件和拓扑文件原子数目不对等的情况。

我的第一反应是首先应该检查每一步的.gro文件和top文件是否正确，比如整理complex.gro时，总原子数目有没有修改，top末尾有没有添加配体等信息。但是当检查完所有文件都感觉正确时，依然报错，最后解决方案是：

检查配体的top文件，需要删掉[system]、 [molecule] 等多余的信息，删掉之后就不再报错了。

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