晶体结构解析与精修
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x射线蛋白晶体结构解析与精修的一些经验和技巧
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生物信息学
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快速放置和Fit同源多聚体相同化合物的两种策略
一条和多条蛋白链分别快速放置化合物的技巧。原创 2024-01-22 13:19:25 · 406 阅读 · 0 评论 -
Wincoot消除拉式图里outlier的多种策略
对于大多数拉式的outliers,正常fit可以消除下去,但经常会遇到不容易消除的残基,例如ASP, GLU, ALA等残基。需要通过合适的策略去调整。原创 2024-01-22 12:11:13 · 834 阅读 · 0 评论 -
Pymol-电子密度图展示方法-PDB数据库已发表结构和自己晶体解析得到的结构密度图
PyMol展示PDB数据库已发表结构和自己晶体解析得到的结构电子密度图的方法原创 2024-01-19 16:10:18 · 1618 阅读 · 0 评论 -
CCP4i2之蛋白结构自动构建:Autobuild protein
在解析x射线蛋白晶体结构过程中,最常用的方法就是分子置换,即进行molecular replacement(MR)时,输入合适的同源蛋白作为model,以及目标蛋白的mtz和sequence,来完成相位解析的过程。相位求解成功与否除了查看MR结束后的TFZ score(通常应该至少大于10)和LLG value(通常应该至少大于200)之外,还可通过后续的refmac查看Rfree(最好小于0.4)是否正常。相位求解不成功的因素有很多,比如数据本身的质量问题,或者是空间群晶胞参数等设置问题。原创 2023-05-29 14:55:50 · 1416 阅读 · 3 评论 -
Maxit: 实现PDB chain ID(s)自动重排
尤其是对于需要上传到PDB的结构,可以用它来进行蛋白链的重排,实现配体和溶剂分子(if they exist)自动位于对应的蛋白链之后的目的,无需在coot里手动调整。原创 2023-01-10 13:00:55 · 237 阅读 · 0 评论 -
晶体衍射数据含有各向异性时的处理方法
可以通过auto_PROC的aP_scale这个模块,去做衍射数据的anisotropy correction。可以提高分辨率和数据质量。原创 2023-01-09 16:56:37 · 306 阅读 · 0 评论 -
利用DIALS软件进行晶体结构解析流程(二)
利用DIALS软件进行晶体结构解析流程(二)原创 2023-01-09 16:11:48 · 234 阅读 · 0 评论 -
利用DIALS软件进行晶体结构解析流程(一)
本文主要介绍了如何利用DIALS软件进行蛋白晶体结构解析数据的流程。原创 2022-10-28 15:45:17 · 994 阅读 · 3 评论