在蛋白质中,氨基酸残基之间由肽键相连。
由于肽键的平面性,每个残基的构象都可以用两个扭转角来描述。而空间位阻的关系又导致这两个扭转角只能取有限的值,并用拉式图(Ramachandran plot)来表述它们的允许区域。
拉式图可被用来描述蛋白质结构模型的总体质量。
对于确定得很好的蛋白质结构,绝大部分构象角会处于被允许区域范围内。通常要求在90%-95%以上。
但仍然有部分残基可能出现在不允许区域,这个时候就需要通过coot去手动精修和调整。
对于大多数的outliers,正常fit可以消除下去,但经常会遇到不容易消除的残基,例如ASP, GLU, ALA等残基。
以下是几种消除拉式图里outliers的方式:
1、如果是分辨率不高的结构,可以尝试更换羰基氧的朝向,有可能是氧的朝向不对导致。
2、使用Auto fit Rotamer按钮去fit,这是由于空间位阻的关系,侧链也有偏好构象。
fit前可以先固定住主链:Modelling——Rotamer Search——Use “Backrub” Rotamers
Wincoot 0.8.9的版本的Modelling是在菜单栏Extensions里面,0.9以上的版本是在Calculate下面。