快速放置和Fit同源多聚体相同化合物的两种策略

在蛋白结构精修的过程中，我们经常会遇上多条蛋白链放置相同化合物的情况。尤其是有的化合物是比较难fit的。如果每一条链都重复放置和fit一次，无疑会增加时间成本。

首先介绍一下 一条链时放化合物的技巧：

有两种方式可以选择

1、通过Calculate——Other Modelling Tools——Find ligand的方式：

2、将鼠标定位到化合物在的密度位置，通过Calculate——Move Molecule Here的方式：

多条链时，这里介绍两种可以减少工作量的方式：

1、先fit好一条链的化合物，假设为蛋白A链并保存，将保存好的pdb文件里的A链和对应的Lig坐标单独拷贝出来，另存为一个新的pdb，假设为A_Lig.pdb。再通过SSM、copy和merge的方式依次放好其余蛋白链的化合物即可。

将A_Lig.pdb Superpose到其余链上

复制A_Lig.pdb里面的化合物

将复制好的化合物对象merge进来当前pdb中。

2、同样是先fit好一条链的化合物，另存为一个新的pdb，再以已经放好化合物的这条链为model, 去重新做一次分子置换（MR）。