Uniport数据库介绍与使用

最新推荐文章于 2025-03-17 17:44:11 发布
最新推荐文章于 2025-03-17 17:44:11 发布
阅读量5.1k 收藏 3
点赞数 1
分类专栏： 生物信息 文章标签： 数据库 database
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/zfhsfdhdfajhsr/article/details/121730344
版权
Uniprot是一个整合EBI、SIB和PIR资源的全球蛋白质数据库，提供蛋白质序列、功能信息和研究论文索引。EBI位于英国剑桥，SIB在瑞士日内瓦维护ExPASy服务器，PIR则由NBRF创立，专注于蛋白质序列解析。该数据库是生物学研究的重要工具，支持蛋白质家族信息爬取、蛋白描述符计算和API访问。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

  Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。

  • EBI（ European Bioinformatics Institute）：欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）是欧洲生命科学旗舰实验室EMBL的一部分。位于英国剑桥欣克斯顿的惠康基因组校园内，是世界上基因组学领域最强地带之一。
  • SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics）：瑞士日内瓦的SIB维护着ExPASy（专家蛋白质分析系统）服务器，这里包含有蛋白质组学工具和数据库的主要资源。
  • PIR（Protein Information Resource）：PIR由美国国家生物医学研究基金会（NBRF）于1984年成立，旨在协助研究人员识别和解释蛋白质序列信息。

参考文献

[1]从uniprot网站上爬取蛋白质家族信息
[2]计算蛋白描述符——uniprot 批量下载蛋白fasta文件
[3]初识Uniprot API
[4]一文极速读懂 Uniprot 蛋白质数据库

uniprot蛋白序列数据库，蛋白质结构数据库PDB；pymol pse格式
weixin_42357472的博客
01-05 2067
很多时候，蛋白晶体结构中不只是蛋白，还可能有核酸、多肽、辅酶、小分子化合物（抑制剂、拮抗剂、激动剂、底物）、助溶剂、表面活性剂、金属离子和水分子以及其他分子；在PDB数据库的蛋白详情页内有详细记录，我们需要了解各组分是什么物质，各自的作用是什么，哪个是共晶配体。一些很小的分子，数量很多的分子，结合在很浅的蛋白表面的分子，通常不会是配体分子（但也有例外）。还有一些名称非常常见的，比如：GOL、ACT、PEG、SO4等等，这些只是蛋白结晶所需要的或者在溶液中存在的分子，不是真正意义上的配体分子。
全球蛋白资源数据库UniProt
microbiology的专栏
03-15 2万+
    UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相 互联系的数据库 ， 也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛 、 功能注释最全面的一个数据库 。 UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Instit
uniprot数据库转换ID功能
hgz2020的博客
08-16 1791
uniprot
一文读懂 UniProt 数据库（2025 最新版）
Baimoc
01-17 1万+
Uniprot （*Universal Protein* ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。
【uni-app】集成SQLite，无服务数据库
最新发布
longshehui的博客
03-17 690
uni-app集成SQLite，无服务数据库，前端实现离线存储功能。
Uniprot数据库
weixin_30847939的博客
04-13 8286
Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。 UniprotKB由两部分组成： UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的、手工注释的、非冗余的数据集，这些数据都是由质量保证的。 UniProtKB/TrEMBL 该数据集包含高质量的计算分析结果，需要我们手工注释。 当我们搜索蛋白质时，就会如下...
解析Uniprot数据库数据|Python
weixin_42038527的博客
02-19 756
UniProtKB提供蛋白质序列、物种来源、功能等注释，并引 入注释评分来表示蛋白质注释完备程度和研究的丰富程度。
一文极速读懂UniProt数据库
热门推荐
Baimoc
02-23 4万+
Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。 EBI（ Europe...
数据库（1）--UniProt蛋白数据库
m0_46431488的博客
11-08 2829
一文学会UniProt数据库（新版/附图文）
生物信息学数据库分类
翡翠泪滴的博客
04-02 2106
为保证数据尽可能的完全，GeneBank与EMBL（欧洲EMBL-DNA数据库）、DDBJ（日本DNA数据库）共同构成国际核酸序列数据库合作联盟（INSDC），三大数据库的信息每日相互交换，更新汇总。数据库中四种结构分类层次分别是：蛋白质种类（class，C）、蛋白质二级结构的构架（architecture，A）、蛋白质的拓扑结构（topology，T）、蛋白质同源超家族（homologous superfamily，H）dbEST数据库：表达序列标签数据库，包含来源于不同物种的表达序列标签（EST）
uniport ID 转换为 gene symbol（ID转换）
wt141643的博客
05-09 1万+
网站 ID转换网址 input 选择 uniprot accession output 选择 Gene symbol 一般一次转换不能超过1万个基因ID，数据量太大就转换不出来，如果一次转换太多，需要等待几分钟 操作示意图 输出结果可直接导出表格 输出结果 ...
生信蛋白分析数据库与ID转换
aiia18的博客
09-01 3015
蛋白质常用数据库提供了蛋白分析的许多极为重要的参数，也有助于药物的开发。
uniprot-rest-api:UniProt网站开发的后端服务
03-18
UniProt REST API UniProt网站开发的后端服务
get-uniprot:使用Uniprot API捕获查询蛋白序列的简单Python CLI
04-13
Get-Uniprot：用于获取蛋白质序列的简单Python CLI。 :dna: 先决条件： Python> = 3.6 快速开始： pip install get-uniprot 用法： Usage: uniprot [OPTIONS] QUERY Arguments: QUERY The Protein Name. Options: -o, --organism TEXT Name of organism. -f, --file Output sequence to .fasta file. --help Show this message and exit. 例如 uniprot -q eEF1A -o 'S. cerevisiae' > eEF1A.fasta 输出： 如果提供-f，命令将向外壳输出序列，
Uniprot 数据库-最常用的蛋白质数据库
weixin_34200628的博客
05-15 7620
Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库，包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库； 其中swiss-prot 是手工核对过的 ，非冗余， 有详细注释信息的蛋白数据库，也是最常用的数据库； 该数据库收录了不同物种的蛋白信息，以人类为例， 数据库中可以看到如下的信息： http://www.uniprot.org/uniprot/?query=*&f...
【生物医学】蛋白数据库UniProt综述及结构图谱
黑符石笔记集
10-27 2616
本文主要分享蛋白数据库UniProt的基本综述的图谱，包含数据库的基本介绍以及组成部分两大块内容，方便大家对这个库能够快速了解。图谱来源主要出自博客【全球蛋白资源数据库UniProt】一文，在此表示感谢。 关于本图谱，请从此【传送门】进入下载。 ...
uniPort: A unified computational framework for single-cell data integration with optimal transport
土豆大叔的博客
10-01 1153
UniPort算法用于集成单细胞RNA和ATAC数据，然后用集成的数据进行下游分析和应用
初识Uniprot API
weixin_30879169的博客
07-11 2196
Uniprot，全名Universal Protein，其整合了Swissprot、TrEMBL和PRI-PSD三大数据库，是目前使用非常广泛的蛋白质数据库 常规物种的蛋白质组学研究一般会使用Uniprot数据库的蛋白序列作为查库序列，因此蛋白组学的结果常以uniprot ID作为识别ID，而且Uniprot数据库还与其他公共库进行了关联，丰富了蛋白相关的信息 这里主要是对Unipr...
Uniprot Python API
weixin_30426065的博客
11-27 834
简要回忆下，第一次使用是在大四，傻傻的用，老师教了一个定制所显示的列，就觉得神奇的不得了。 uniprot 提供了可供编程的api，这样大大简化了处理流程。http://www.uniprot.org/help/programmatic_access 不过，在进行batch retrieve时，没有提供python的代码，还是很蛋疼的。 于是又找到了一个module，https://pypi...
用perl输入ID号就能在Uniport上下载序列数据的fasta文件
10-19
在Perl中，你可以使用LWP::UserAgent库来发送HTTP请求到UniPort网站并获取序列数据。首先，你需要安装这个库，如果没有安装，可以使用cpanm（Comprehensive Perl Archive Network Manager）来安装： ```sh cpanm LWP::UserAgent ``` 然后，你可以编写一个简单的Perl脚本来通过ID号下载FASTA文件。这里是一个示例，假设UniPort的API支持直接提供给定ID的序列信息： ```perl #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use LWP::UserAgent; # UniPort API URL format my $url_base = "https://www.uniprot.org/uniref/protview?format=fasta&id="; # 输入的ID号 my $id_number = 'your_id_here'; # 替换为你需要查询的实际ID # 构造完整的URL my $url = $url_base . $id_number; # 创建用户代理 my $ua = LWP::UserAgent->new; # 发送GET请求 my $response = $ua->get($url); # 检查请求是否成功 unless ($response->is_success) { die "Failed to download sequence: " . $response->status_line; } # 获取响应内容作为FASTA字符串 my $fasta_data = $response->content; # 将数据保存到文件（假设名为$id_number.fasta） open(my $fh, '>', "$id_number.fasta") or die "Could not open file: $!"; print $fh $fasta_data; close $fh; print "Sequence for ID $id_number downloaded and saved as $id_number.fasta.\n";
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值