今天给同学们分享一篇生信文章“Characterization and application of a lactate and branched chain amino acid metabolism related gene signature in a prognosis risk model for multiple myeloma”,这篇文章发表在Cancer Cell Int期刊上,影响因子为5.8。
结果解读:
乳酸代谢亚型和支链氨基酸代谢亚型的鉴定
可以看出,无论是基于27个支链氨基酸代谢相关基因的表达模式(cluster 1 = 159,cluster 2 = 97),还是基于13个乳酸代谢相关基因的表达模式(cluster 1 = 143,cluster 2 = 113),将256名MM患者聚类为两个分子亚型(k = 2)时,获得了最佳的聚类结果(图1A和E)。不同亚型中支链氨基酸代谢相关基因和乳酸代谢相关基因的表达情况分别在图1B和F中呈现。PCA结果显示了这些聚类结果的合理性,展示了良好的内部一致性和稳定性(图1C和G)。在支链氨基酸代谢相关亚型和乳酸代谢相关亚型中,cluster 1的预后结果较cluster 2差(图1D和H)。
不同亚型中差异表达基因(DEGs)的分析
在BCCA代谢相关亚型中,筛选出了1079个差异表达基因(718个基因上调,361个基因下调)(图2A)。根据BP分析,这些基因与MM中的肽酪氨酸磷酸化的控制和细胞间粘附的控制相关。在CCs的情况下,这些差异表达基因参与了基于肌动蛋白的细胞突出、膜微囊和负责细胞外侧的功能。关于MF,这些差异表达基因参与了特定的