生物信息百Jia软件（22）：featureCounts

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编者按
虽然短序列比对工具subread的使用没有bwa和hisat2流行，但是软件包中的featureCounts工具却使用比较广泛。尤其是在利用R语言进行RNAseq分析时，featureCounts几乎成为必须使用的工具。当然说的是R语言版本的featureCounts。

一、功能分类：
reads计数

二、软件官网：
http://subread.sourceforge.net/

三、软件介绍:
featureCounts是subread软件包中的一共工具，主要用来计算subread比对之后的结果进行reads计数，也就是每个区域有多少条reads比对上了。目前比较常用的reads计算工具有两款，一个是HTseq，另一款就是featureCounts。reads 记数主要用在RNAseq分析中。计算每个基因或者外显子上面的reads数，根据reads数目进行归一化处理，计算RPKM，FPKM，TPM等，然后进行差异比较分析。一般在利用R语言进行RNAseq数据分析时，输入文件基本上都是reads count结果。例如DEseq，DEseq2，edgeR，limma等R包，都需要输入这样的结果，不能直接输入归一化之后的结果，因为这些软件都需要使用自己归一化的方法。所以reads 记数这一步是非常重要的，因此我们单独拿出一节来介绍featureCounts软件，其实我觉得featureCounts的使用人数可能比subread还多。

四、下载安装：<