对PharmMapper数据库的研究

数据库的功能主要还是用来预测成分靶点。

从 PubChem 数据库里下载成分的结构文件(*.SDF)：

①打开 PharmMapper 网页，点击【Submit Job】（如下图）

 输入成分的sdf文件，输入一个邮箱（出结果会短信通知这个邮箱，因为这个结果很慢....）

②参考文献的设置一样，最大生成构象设置300（框①），靶点类型选择仅人类蛋白靶点（框②）：

 最后提交（加载缓慢......）

 完成提交，可以得到一个任务ID（框①），保存这个ID，可以在【check Job】（框②）里查看任务运行的状态，若是运行成功或是受到短信，可以凭借这个ID在【Get Result】里查看和下载结果。

③收到邮箱通知，从get resulr里下载csv文件：

④筛选，在unprot里进行ID转换：

由拟合分数（Norm Fit）>0.9（框①）作为筛选数据的条件

用表中的Uniprot列在 Uniprot 里进行基因名转换：

 如下图，粘贴文件里的基因id，进行名称转换（选择Gene name（框①））：

将结果复制到excel表中，得到对应的基因名。

这样，就算在pharmMapper里完成一个成分的靶点预测。

多个成分就类似的重复操作。

参考视频:

中药复方网路药理学：5. PharmMapper的使用_哔哩哔哩_bilibili