关于结合自由能的认识

文献里采用gmx_MMPBSA-1.5.1 进行MM/GBSA自由能计算。

01、结合能：

常见的结合能分为化学结合能和分子间结合能：

在配体(包括药物)和受体的相互作用过程中，牵涉到两类相互作用，即非键相互作用和共价相互作用。

01.01、化学结合能：

化学结合能是指原子或分子之间通过化学键结合时释放的能量，或者将化学键断裂所需的能量。化学键包括共价键、离子键、金属键等。化学结合能通常以千焦每摩尔（kJ/mol）为单位。

而共价相互作用则牵涉到化学键的断裂和生成，需要用量子力学的方法进行考察。在药物分子和受体的相互作用时，一般只牵涉到非键相互作用。

01.02、分子间结合能：

分子间结合能是指分子之间通过非键相互作用结合时释放的能量。这种结合能通常比化学键能小得多，但对物质的物理性质（如溶解性、沸点等）有重要影响。

非键相互作用包括静电相互作用、范德华相互作用以及氢键相互作用等等，这些相互作用都可以通过力场计算进行比较简单的表达。

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02、焓：

焓（Enthalpy）是一个热力学状态函数，用符号 H 表示。它定义为系统内能 U 与压力 P 和体积 V 的乘积之和：

在分子模拟体系NPT系综中，焓变主要考虑内能变化（动能、势能【弹簧例子】）和体积变化。

在溶液中能自发结合的两个分子，前后能量发生改变，体系总能量降低。其能量变化不是结合自由能，仍然是内能的变化，能量减低以热的形式释放。 

03、熵：

表示体系的混乱程度。结合前，分子自由度大，结合后分子变得稳定，自由度下降，无序度将会降低。在溶液中进行时，参与结合的分子的无序度降低，周围的溶剂分子也会受影响。两个分子在结合前后，体系内分子的排列混乱程度发生的变化，即熵变。

• 正熵变（ΔS > 0）：体系的混乱程度增加，即体系变得更加无序。

• 负熵变（ΔS < 0）：体系的混乱程度减少，即体系变得更加有序。

04、自由能：

判断化学反应是否自发，并非单独看焓变或者熵变，而是综合两者的变化（即自由能）进行判断。

结合自由能