在SwissTargetsPrediction数据库中预测成分靶点

1.对筛选的多肽成分进行靶点预测：

①用Uniport中的蛋白进行一系列操作（水解，挑选2~8短肽，活性预测，毒性，过敏性预测，胃肠吸收度，半衰期和苦味的预测、生物活性功能预测）进行多肽的筛选。

②或者在EXCEL筛查短肽（=IF(LEN(A1)<=7,"T","F"），可惜最短都是7肽。

③用氨基酸单字符序列（AGW）在 Swissadme 里找到多肽对应的smiles结构（例如下图）

 在框①里输入短肽单字符序列，框③就是得到的Smiles编号

解决在swissADME里得不到swiss号：

可以到 纽普生物  里去查找。

④用smiles编号在pubchem里查找，得到对应的Canonical Smiles（如下图）

④打开 SwissTargetPrediction ，进行成分靶点预测（操作如下图）

 种类只能选择人类和小鼠（框①），在框②里输入Swiss编号，点击Predict target按钮（框③）

等待进条度加载完毕，保存预测的靶点到本地。

2.下载靶点，对靶点进行进一步筛选处理：

有多个成分，就能预测到多个靶点文件，将这些文件的【Target】和【Common name】汇总到一个新建表格，新增一列是这些靶点的药物成分。

Probability值越高，成分和靶点的关联就越强（会有为0的情况，要去掉）

 一般，我们保留Probability值＞0的靶点

在视频教程里（下图），会在前两列添加Mol_ID和分子名（嗯，可做可不做）

 

另外，在【Common name】会出现下面这类情况：一个靶点对应两个Commom name

 一个靶点有两个common name，我们需要只保留第一个(操作如图）： 

在Excel里，选择【数据】-->【分列】，按空格进行分列，将分列出的新列删除。

绘制成分—靶点网络（详见笔记：成分-靶点网络构建 ）