wiseconrdoX分析CNV适用于CNVseq、NIPT和WGS等项目。
wiseconrdoX基本用法参考:
本脚本中,bam选择未去除重复的bam文件,convert_bin_size为bam2npz使用的窗口大小(窗口越大,假阳性率越低,但分辨率下降,默认大小5kb),reference_bin_size为构建reference参考基线的窗口大小(本程序默认100kb)。
通过脚本可自动遍历搜索目录下全部.bam文件,自动创建index和bam2npz转换,并构建指定分辨率reference。
wiseconrdoX reference构建脚本
# build_reference.py
import os
from pathlib