生信软件34 - 大幅提升Python程序执行效率的工具Pypy

最新推荐文章于 2024-11-11 21:30:41 发布

生信与基因组学

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分类专栏：生物信息学软件文章标签： python 开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/141956369

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在生信开发过程中，会大量使用Python脚本，除了多进程和多线程编程提高程序运行效率外，还可以借助效率更高的Python解释器来提高程序的运行速度， CPython 使用c语言实现的解释器， PyPy 使用python语言的子集RPython实现的解释器，一般情况下PyPy比CPython快4倍左右。

1. 比较解释器的运行效率

# task.py
import time

def compute_task():
		"""计算平方和"""
    total = 0
    for i in range(1, 10000000):
        total += i ** 2
    return total

def time_execution(func):
    start_time = time.time()
    func()
    end_time = time.time()
    return end_time - start_time

if __name__ == "__main__":
    execution_time = time_execution(compute_task)
    print(f"Execution time: {execution_time:.4f} seconds")

2种不同解释器运行程序消耗时间：

使用pypy3运行相同程序，运行消耗时间约为CPython消耗时间的1/16。

python task.py
# Execution time: 2.5991 seconds

pyp3 task.py
# Execution time: 0.1562 seconds

2. conda 安装pypy

conda-forge通道支持使用PyPy解释器创建和安装包到环境中， conda安装目前仅支持的Python版本是3.8和3.9。

# 创建环境
conda create -c conda-forge -n pypy3.9 pypy python=3.9

# 激活环境
conda activate pypy3.9

# 使用严格的通道优先级
conda config --set channel_priority strict

3. pypy下载安装

# linux 64 python3.10版本下载
wget https://downloads.python.org/pypy/pypy3.10-v7.3.17-linux64.tar.bz2
tar -xvjf pypy3.10-v7.3.17-linux64.tar.bz2

# linux 64 python3.9版本下载
wget https://downloads.python.org/pypy/pypy3.9-v7.3.10-linux64.tar.bz2
tar -xvjf pypy3.9-v7.3.10-linux64.tar.bz2

windows版本：

python3.10 : https://downloads.python.org/pypy/pypy3.10-v7.3.17-win64.zip
python3.9 : https://downloads.python.org/pypy/pypy3.9-v7.3.16-win64.zip