生信软件32 - 变异位点危害性评估预测工具合集

生信与基因组学

已于 2024-08-30 23:31:31 修改

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分类专栏：生物信息学软件文章标签：数据分析数据挖掘 bash

于 2024-08-30 17:41:21 首次发布

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转换和颠换如发生在基因的蛋白编码区内，根据点突变对和蛋白质翻译产生的影响定性，可以把点突变分为同义突变和非同义突变二种。

1. 基本概念

1.1 同义突变(synonymous mutation)

碱基替换不引起氨基酸改变称为同义突变。

1.2 非同义突变(non-synonymous mutation)

碱基替换引起编码氨基酸改变称为非同义突变。

1.2.1 错义突变

碱基替换引起编码氨基酸密码子的改变，编码产生了一种新的氨基酸称为错义突变。错义突变大多发生在密码子的第一位或第二位核苷酸，且发生在第二位和第三位时危害更大。

1.2.2 无义突变

碱基突变引起编码氨基酸密码子替换终止密码子（UAA、UAG和UGA），使肽链合成提前终止，这种的截短的蛋白很可能不具有活性。

蛋白编码区（CDS区）的位点发生非同义突变（即碱基替换引起编码氨基酸的改变），很可能为致病突变，其危害程度与突变发生的位点及改变后氨基酸的理化性质有关，特别是非同义突变发生在决定蛋白功能或结构的CDS区域时产生的危害可能越大，但若突变后氨基酸的理化性质相近，则可能不会产生危害（即可视为良性突变）。

对全外显子（WES）、全基因组测序（WGS）或靶向捕获panel获得的变异位点数据，可使用下列评估工具对非同义突变位点的危害程度进行打分。

2. 危害性评估工具

2.1 非同义突变危害性预测工具：

经测试，下列工具中FATHMM表现较优。

PolyPhen-2
SIFT
MutationTaster
Mutation Assessor
FATHMM
LRT
PANTHER
PhD-SNP
SNAP
SNPs&GO
MutPred

2.2 保守性评估工具：

GERP++
SiPhy
PhyloP

2.3 综合评估工具：

综合评估工具中，KGGSeq表现最优；CADD核心为支持向量机算法，DANN采用神经网络算法（更容易捕获非线性关系特征）预测变异位点的危害程度，DANN性能优于CADD。

CADD
PON-P
KGGSeq
CONDEL

2.4 评估工具预测结果说明

D表示有害，T 表示容忍， P表示可能有害，B表示良性。
结果说明

3. ANNOVAR软件注释变异位点的危害性

ANNOVAR可调用dbNSFP数据库数据对变异位点进行打分，目前的最新版本为hg19_dbnsfp47a_interpro。

# dbNSFP注释数据下载， 将dbnsfp47a_interpro替换为hg19_dbnsfp42c同样有效
# 使用.pl脚本均为ANNOVAR软件的perl脚本
perl annotate_variation.pl \
-downdb -webfrom annovar \
-buildver hg19 hg19_dbnsfp47a_interpro humandb/


# snp vcf转为avinput格式
perl convert2annovar.pl \
-format vcf4 \
sample.snp.vcf > sample.avinput


# 同时获得所有dnNSFP的注释
perl table_annovar.pl sample.avinput humandb/ 
-protocol dbnsfp47a_interpro \
-operation f -build hg19 -nastring .


# 单个数据库变异位点打分
perl annotate_variation.pl -filter -dbtype ljb23_sift \
-buildver hg19 \
-out sample sample.avinput humandb/