Augustus:真核生物基因结构预测软件-安装篇

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组装得到基因组序列之后，进一步的工作就是探究基因结构。Augusust是一款预测真核生物基因结构的软件,官网如下：

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/

本篇主要介绍该软件的安装过程，这个软件依赖很多其他软件，安装过程比较繁琐。这里我通过一个最基本的centos的docker 镜像进行演示,首先启动centos容器，命令如下

docker run -i -t --rm centos

1. 安装必须的库文件

yum install -y gcc gcc-c++ make automake
yum install -y boost boost-devel boost-doc
yum install -y zlib zlib-devel ncurses-devel bzip2-devel xz-devel
yum install -y git

2. 安装cmake

要求cmake的版本必须大于3.6,安装过程如下

curl -o  cmake-3.12.0.tar.gz  https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.0.tar.gz
tar xzvf cmake-3.12.0.tar.gz
cd cmake-3.12.0
./bootstrap
make
make install

3. 安装bamtools

必须从github上下载最新版，安装过程如下

git clone https://github.com/pezmaster31/bamtools
cd bamtools/
mkdir build && cd build
cmake ../
make
make install

4. 安装hitslib

git clone https://github.com/samtools/htslib
cd htslib/
autoheader
autoconf
./configure
make
make install

5. 安装samtools

git clone https://github.com/samtools/samtools
cd samtools/
autoheader
autoconf
./configure
make
make install

6. 安装bcftools

git clone https://github.com/samtools/bcftools
cd bcftools
autoheader
autoconf
./configure
make
make install

7. 安装tabix

git clone https://github.com/samtools/tabix
cd tabix/
make

8. 安装augustus

首先设置htslib, samtools, bcftools, tabix 的安装目录，要求这些软件安装在同一个目录下，结构如下

tools/
├── bcftools
├── htslib
├── samtools
└── tabix

设置环境变量TOOLDIR, 命令如下

export TOOLDIR="/tools"

设置好之后，安装augustus的命令如下

wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.3.1.tar.gz
tar xzvf augustus-3.3.1.tar.gz
cd augustus-3.3.1/
make
make install

至此，安装才算成功。

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