DNA 酶是单链寡脱氧核糖核苷酸分子,与蛋白质和核酶一样具有催化能力。目前的DNAzyme都是在实验室中通过体外选择分离出来的,尚未在活生物体中发现 DNAzyme。DNAzyme具有催化能力,可以利用DNA、RNA、肽或小的有机物作为底物。然而,除了那些已确定其3D结构的序列,大部分的DNAzyme序列无法在公共序列数据库(如GenBank)中获得。因此,本文介绍DNAzymes 的综合数据库资源—DNAmoreDB,它包括多种信息:序列、选择的条件、催化反应、动力学参数、底物、辅因子、结构信息和参考文献。该数据库可访问地址:https://www.genesilico.pl/DNAmoreDB/。
凌恩生物盈飞团队,致力于为生命科学领域客户提供国际领先的数据管理和分析解决方案,整合多种信息,搭建个性化数据库。
目前,DNAmoreDB包含了1782条序列,20种不同反应的 DNAzyme的信息。在主页面,用户可以通过关键字查询数据库,查看哪些页面可以被浏览,并访问序列搜索工具。工具栏显示了数据库的所有页面和查询数据库内容的搜索栏。为了避免过多数据给用户带来干扰,DNAzymes页面中默认只显示文章正文中提到的DNAzymes,除非用户另有指定。这些条目可以根据不同的标准进行排序,例如催化区域的长度或名称,以及关于催化反应的过滤器,辅助因子要求,以及是否可以应用特定的DNAzyme的动力学等条件来缩小显示的结果。
总之,DNAmoreDB是一个综合性数据库,帮助研究者们获得几乎所有DNAzyme的信息。
参考文献
DNAmoreDB, a database of DNAzymes. Nucleic Acids Research
doi: 10.1093/nar/gkaa867