bedtools统计窗口内平均覆盖深度

第一步：准备基因组文件

假如需要划分的窗口的参考基因组为hg19，可参考bedtools说明中的方法远程连接UCSC的数据库，提取相应的染色体和长度

得到的genome.txt：两列分别为染色体名称和对应长度，用tab间隔

第二步：划分窗口

bedtools makewindows -g genome.txt -w 1000 > windows.bed

• -g genome.txt是要划分的基因组，格式为两列：染色体、染色体长度
• -w 1000为窗口大小为1k
• windows.bed为输出文件，格式为三列：染色体、区间开始位点、区间结束位点。
• 生成的bed文件：
  

第三步：统计窗口内的平均覆盖深度

bedtools coverage -a windows.bed -b SRR081241.sorted.bam > HG00096.depth.txt

bedtools coverage对划分好的每个滑动窗口进行reads数（depth)的统计。

• -a windows为上一步划分好的区间
• -SRR081241.sorted.bam为测序数据mapping到参考基因组的比对文件
• HG00096.depth.txt为统计结果的输出文件，格式为7列：染色体、区间起始位点、区间结束位点、该区间内的reads数、该区间内的碱基数、区间大小、该区间的平均覆盖度
• 生成的txt文件：