下载SNP周围的氨基酸序列的fastq文件

最新推荐文章于 2023-06-17 13:00:30 发布
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分类专栏： 学习记录 文章标签： 数据库
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本文链接：https://blog.csdn.net/acgtexplorer/article/details/122832477
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首先在ensembl中确认SNP在蛋白上的位置；
然后在NCBI上打开这个蛋白的序列，选择SNP所在位置的上下游，即可下载
NCBI上如何打开蛋白的序列，可以参照这个百度经验https://jingyan.baidu.com/article/ac6a9a5e11075c2b653eac22.html

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从CNCB下载单细胞转录组fastq文件并定量
weixin_44493991的博客
03-17 713
web_summary.html：这个是必须要看的，粗略浏览本次10x样本走cellranger count流程的运行质量。可以参考生信技能树[https://mp.weixin.qq.com/s/VWUmJZnzT7m_7QDjxkbrJw]filtered_feature_bc_matrix.h5: Python读取表达量矩阵。10X提供人和鼠的基因组参考index，其他物种可以是用cellranger自行构建。CNCB的原始数据需要申请，申请通过后可以下载meta data。
ENA下载FASTQ文件
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cjnnnn16的博客
01-07 631
使用prefetch一直下不下来sra，出现错误为timeout exhausted,下载sralite也出现问题，如下代码提取sralite文件下载地址，在第十列。
sra、fastq等文件的数据库下载
To pimp a butterfly
01-29 1522
aspera 测试下载命令 ascp -l 100M -P 33001 -QT -k 2 -i /root/miniconda3/envs/qiime2-2020.11/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz ./test.fq.gz 下载速度能有56.7Mb/s 非常令人感动了 文件最后的保存地址是ubuntu默认下载文件
使用EBI下载SRA/fastq文件
crewkickse的博客
06-17 602
中搜索GSE号等信息（如：GSE154290），找到所需的项目，点击项目号进入看到Read files栏目，勾选所有需要下载的fastq文件，点击上面的Get download script可以获得项目对应wget命令的.sh脚本.在linux中输入命令如nohup bash 20230617-0453.sh & 即可后台下载。
fastq_download_fr_acc_list
02-13
fastq_download_fr_acc_list 这仅适用于配对末端读取。 对于单端，需要修改inner_sra.sh文件。 清理文件夹rm -rf batch / * err / * temp / * down *，然后复制整个父文件夹以进行其他研究。 将特定的acc.txt文件替换到该文件夹​​。 sh batch.sh生成批处理文件。 sh Submit.sh将fastq文件下载到临时文件夹。 下载完成后，清除错误文件。 mv down * err / 如果您要下载的样本很多， 修改submit.sh文件以设置等待时间（秒） 每次提交作业之间的时间间隔，以避免HPC过多。
Fastq2VCF传统流程
07-15 1292
1.序列QC： 去除低质量reads，和连续的低质量片段，去掉接头序列。QC统计reads数量及测序质量。 2.Mapping： 由于bwa能准确，快速的将短序列比对到基因组上，而且软件持续更新和说明文档完备，是外显子捕获测序的首选。 3.Sam到bam转换： Samtools ...
如何对基因组序列进行注释
weixin_33770878的博客
09-06 8038
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based prediction...
生物信息学基础：DNA序列数据的获取与处理
随着高通量测序技术的发展和广泛应用，生物学领域产生了大量的DNA序列数据，这些数据包含了生物体内DNA的遗传信息。生物信息学通过整合、分析和解释这些数据，为研究者提供了丰富的信息资源，加速了生命科学研究的...
MATLAB生物信息学应用全攻略：从基因序列分析到蛋白质结构预测的实战演练
![MATLAB生物信息学应用全攻略：从基因序列分析到蛋白质结构预测的实战演练]...# 1. MATLAB生物信息学简介 MATLAB是一种强大的技术计算语言，在生物信息学领域有着广泛的应用。生物信息学是利用计算方法来处理和分析...
Python库 | pyfastx-0.6.9-cp35-cp35m-manylinux2010_i686.whl
02-18
3. **序列处理**：可以对序列进行各种操作，如截取子串、反转、翻译成氨基酸序列等。 4. **质量值处理**：在FASTQ文件中，`pyfastx`能够处理质量值，用于评估测序的准确性。 5. **统计分析**：可以计算序列长度...
Python-从Python高效处理FASTQ文件
08-10
从Python高效处理FASTQ文件
kSNP:kSNP从整个基因组中进行SNP发现和SNP注释-开源
04-29
kSNP可以识别一组基因组序列中的全基因组SNP，并根据这些SNP估算系统发育树。 SNP发现基于k-mer分析，不需要多重序列比对或参考基因组的选择，因此kSNP可以将100多个微生物基因组作为输入。 SNP基因座由围绕中央SNP等位基因的长度为k的寡核苷酸定义。 kSNP可以分析已装配重叠群或原始，未装配读数中的完整（完成）基因组和未完成基因组。 可以将完成的和未完成的基因组一起分析，并且kSNP可以自动下载完成的基因组的Genbank文件，并将这些文件中的信息合并到SNP批注中。 Gardner，SN和Hall，BG2013。当全基因组比对不起作用时：kSNP v2软件可用于无比对的SNP发现和数百种微生物基因组的系统发育。 一等奖，8（12）：e81760.doi：10.1371 / journal.pone.0081760
Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)
06-08
Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)
傻瓜式下载SRA中的fastq双末端源数据
zhangjunya的博客
01-19 2313
SRA的fastq双末端源文件下载。
使用ensembl的API下载数据
doudou8486的专栏
03-28 5191
Ensembl 是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automatic annotation）并加以维护的软件。该计划由英国Sanger研究所Wellcome基金会及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息学研究所共同协作运营(http://zh.wikipedia.org/wiki/Ensembl)。 Ensembl数据库本身提供了非常人性话的操作界
NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上（locus）
weixin_33725722的博客
04-12 3352
首先，进入NCBI的主页网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后，在下图红色框框位置输入目的SNP，比如rs608139 输完后，出现如下结果，箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置，即p21，由于该SNP在2号染色体上，因为我们也写为2p21 转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan...
如何下载、选择dbSNP数据库的变异位点vcf文件（hg19/hg38）
qq_43722079的博客
04-10 9526
创作日志： 下载的增强子数据文件里，没给增强子中包含的SNP信息，所以要自己写脚本补充。本来是想通过爬虫的方法在dbSNP的网站上边爬取边补充，但是谁知道dbSNP的搜索功能做得那么垃圾！于是就只能下载dbSNP的变异位点文件，然后再自己做处理。 当我经历了九九八十一难终于下载并解压好了120+G的vcf文件后，打印信息的时候tmd发现自己下载错了版本，我要用的是hg19，却下载成了hg38，欲哭无泪… 文件名不标版本真的很气人。于是读了读README文档，谁让以前不读呢。 具体步骤 注意：由于下载的v
生信技能04 - 生信分析所需致病SNP位点Excel文件制作教程
LittleComputerRobot的博客
01-18 490
生信分析项目中，程序所需致病SNP位点excel文件的制作
根据SNP的位置从基因组提取上下游序列
weixin_30586257的博客
09-04 2442
代码如下： #!/usr/bin/perl -w use strict; die "perl $0 <vcf> <genome>" if(@ARGV == 0); #Author:yueyao@genomics.cn my $vcf=shift; my $genome=shift; my%hash; my $id;...
如何获取SNP的参考序列和突变序列
03-30
要获取SNP的参考序列和突变序列，可以按照以下步骤进行： 1. 确定SNP的位置和基因组坐标。可以通过查询公共数据库，比如NCBI的dbSNP数据库，来获取SNP的位置和基因组坐标。 2. 获取参考基因组序列。可以从基因组...
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