生信技能04 - 生信分析所需致病SNP位点Excel文件制作教程

最新推荐文章于 2024-09-23 20:30:10 发布
最新推荐文章于 2024-09-23 20:30:10 发布
阅读量716 收藏 1
点赞数 1
分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： 数据分析 excel
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/128717913
版权
本教程详细介绍了通过NCBI查找并下载致病SNP位点数据，然后使用Excel进行数据整理，最终生成适合生信分析的Excel文件的过程。涉及步骤包括在NCBI网站上筛选SNP位点，使用Excel处理TSV文件，以及通过WinSCP将文件上传至服务器。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

致病SNP位点Excel文件制作教程

在生信分析项目中，有遗传相关的项目会涉及到SNP位点的查找，将该SNP位点文件作为程序输入文件，本文将介绍如果通过NCBI查看目标基因的致病SNP位点，并制作成可用于后续程序解析的格式。

1. NCBI查找并下载致病SNP位点数据

step 1: 打开浏览器，输入https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，打开NCBI网站，切换搜索栏位为Gene，在输入栏输入要检索的基因名(Symbol ID)，点击Search，以检索COL4A5基因为例。
在这里插入图片描述

step 2 : 确认搜索结果为Homo sapiens (huamn)，点击COL4A5 - collagen type IV alpha 5 chain

了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
生信技能68 - bcftools annotate注释VCF SNP的RSID编号
LittleComputerRobot的博客
12-25 291
bcftools annotate注释VCF SNP的RSID编号
生信技能48 - 如何获取基因的SNP及RefSeq参考序列命名规则
LittleComputerRobot的博客
06-16 629
基因的SNP及RefSeq参考序列命名规则
SNP文件处理
05-16
用于生物遗传里面，把一个SNP文件里面的 2个变成一个
Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式
邓飞----育种数据分析之放飞自我
04-14 3105
有时候，我们会遇到Excel格式的基因型数据，这篇博文介绍一下如何手动转为plink格式。 可以在Excel中整理，也可以在R语言中整理。数据量少的话，就在Excel中整理，数据量大的话，就在R语言中整理就行。 主要思路是根据plink的格式特点，针对性的满足，然后导出，就可以了。 1. Excel中的基因型数据格式 第一列是snpID，第二列是染色体，第三列是物理位置，第四列是参考基因组分型，第五列以后是每个样本的具体分型。 整体而言，每一行是一个snp，第五列以后每一列是一个样本。 2. plink的
txt 插入特定列_R包circlize绘制特定SNP、InDel位点标识的基因组圈图
weixin_39884412的博客
12-10 837
R包circlize绘制特定SNP、InDel位点标识的基因组圈图​mp.weixin.qq.com续前文“R包circlize绘制特定SNP、InDel位点标识的基因组圈图续前文“R包circlize绘制基因组重测序变异圈图示例​mp.weixin.qq.com”。在前文绘制基因组圈图时，由于SNP、InDel过多，没有选择将这些变异位点单独以点的形式标记在基因组的特定位置处，而是统计了每200...
生信学习笔记：利用GATK call SNP
热门推荐
ccArtermices的专栏
09-19 1万+
生信学习笔记：利用GATK call SNP SNP是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入。SNP在基因组中分布相当广泛，近来的研究表明在很多物种基因组中每300bp就出现一次。大量存在的SNP位点，使人们有机会发现与各种疾病，包括肿瘤相关的基因组突变。既然SNP那么广泛存在，获得SNP就变成一项重要的任务。在经历了样本收集、测序、质控和mapping后，我们输出了bam格式...
生信技能--数据的导入导出
weixin_43664814的博客
02-07 224
小白看过来～～ 跟我一起学R语言吧～ 不懂的我们可以微信讨论：JolieinCT
生信技能59 - 基于GATK CallingSNP变异检测及注释流程
最新发布
LittleComputerRobot的博客
09-23 635
基于GATK CallingSNP变异检测及注释流程
生信技能52 - VCF文件hg38与hg19坐标相互转换
LittleComputerRobot的博客
07-11 554
对SNP/INDEEL Calling获得的VCF文件进行hg38与hg19的坐标相互转换
【佳学基因检测】如何从NCBI数据库中获取特定的SNP的信息
genedecoders的博客
10-24 1493
要从NCBI SNP数据库中获取SNP的信息，您可以使用NCBI的E-utilities，具体来说，可以使用esearch来搜索SNP，然后使用efetch来获取详细信息。以下是一个示例命令，假设您有一个包含20万个特定SNP的snp.txt文件，其中第一列是编号，第二列是SNP的ID：/
生信分析中常见的变异类型
weixin_69556916的博客
05-04 2193
CNV已经在许多疾病的分子诊断和非侵入性产前护理中得到应用，CNV将对包括癌症和心血管疾病在内的几种疾病的筛查、诊断、预后和监测产生巨大影响。InDel：Insertion/Deletion，插入或缺失，在基因组重测序进行mapping时，进行Gap的比对并检测可信的Short InDel ，如基因组上小片段>50bp的插入或缺失，在检测过程，Gap的长度为1—5个碱基。SNP：SNP的影响因素包括单碱基变异、转录区非同义突变、基因组分布不均等。SNV：SNV的产生原因是碱基替换、单碱基插入或碱基缺失等。
NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上（locus）
weixin_33725722的博客
04-12 3933
首先，进入NCBI的主页网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后，在下图红色框框位置输入目的SNP，比如rs608139 输完后，出现如下结果，箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置，即p21，由于该SNP在2号染色体上，因为我们也写为2p21 转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan...
基础生信分析——deseq2包
weixin_55480513的博客
04-05 4588
测序数据的表达矩阵通常包含了基因组数据分析的关键信息。一般来说，表达矩阵中的数据包括：基因表达水平： 表达矩阵中的每一行代表一个基因，每一列代表一个样本。矩阵中的每个元素通常表示相应基因在相应样本中的表达水平，可以是原始计数值或标准化后的表达值（如FPKM、TPM等）。样本信息： 表达矩阵中通常还包含了关于每个样本的信息，比如样本ID、类型（如对照组、实验组）、处理条件等。这些信息有助于进一步的数据分析和解释。注释信息： 表达矩阵可能还包含了基因的注释信息，比如基因的ID、基因名、功能等。
如何下载、选择dbSNP数据库的变异位点vcf文件（hg19/hg38）
qq_43722079的博客
04-10 1万+
创作日志： 下载的增强子数据文件里，没给增强子中包含的SNP信息，所以要自己写脚本补充。本来是想通过爬虫的方法在dbSNP的网站上边爬取边补充，但是谁知道dbSNP的搜索功能做得那么垃圾！于是就只能下载dbSNP的变异位点文件，然后再自己做处理。 当我经历了九九八十一难终于下载并解压好了120+G的vcf文件后，打印信息的时候tmd发现自己下载错了版本，我要用的是hg19，却下载成了hg38，欲哭无泪… 文件名不标版本真的很气人。于是读了读README文档，谁让以前不读呢。 具体步骤 注意：由于下载的v
一行命令完成RNAseq差异分析+画图
简simplify的博客
08-04 9371
今天来给大家分享的是：怎么一行命令完成RNAseq数据差异分析+火山图+散点图。 一、准备3个文件： 1、基因表达count文件：gene_count.txt 格式如下：（行是基因、列是样本） 2、基因表达FPKM文件：gene_exp.txt 3、样本分组文件：group.txt（第一列是样本、第二列是分组名） 二、运行代码 1、确保已经安装了R或RStudio，如果没有安装R包edgeR和ggplot2，可以先安装一下。这里使用edgeR包的exactTest函数进行RNAseq的差异分析
2021.08.06【微生物】丨提取excel字符串制作metadata表格
08-06 727
目录摘要数据准备提取字符串结果展示总结 摘要 最近开始接手16S项目，遇到一个原始问题，就是制作样本的统计文档和metadata文件。微生物动辄几十上百个样品，一个一个整理是不现实的。目前在手动制作metadata文件时用到几个excel的参数，在此记录一下。 数据准备 上图展示了部分样品信息，这两列分别是样品名和细分分类标签，其中细分分类标签又有三个含义。BBH19 = BB（样品位置）+ H (个体状态，这里是健康) + 19 （采集年份）。客户提出要求，除了进行细分分类分析，还要按照样品位置和个体状
GWAS数据分析流程—SNP、Indel提取
weixin_44482816的博客
09-28 1万+
1、测序质量评估 ## conda安装fastqc fastqc *.fq.gz 2、合并评估报告 ## conda安装multiqc (可能会要求安装latex,为生成PDF文件所需) multiqc . 3、数据过滤(重复、接头等) ## conda安装fastp（fastp也会生成过滤前后的质量报告，如果需要的话，需要对报告文件重命名） fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz 4、下载参.
DNA 5. 基因组变异文件VCF格式详解
weixin_41368414的博客
05-24 5896
基因组变异文件VCF格式详解包括SNV和SV，SV部分有些复杂，大家真正使用的时候可以下载VCF格式说明！
R语言实现GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化
青笋的博客
04-26 2752
上述算法的核心是先从基因列表中取一个基因，然后找这个基因对应的snp和表型，如果找到某些snp在多个表型中显著性都大于7，则将其添加到注释信息，但是如果没有大于7的位点，则开始继续寻找是否存在大于5的位点，以此类推，若也没有大于5的点，则寻找大于3的位点。根据GWAS得到的Rresult文件信息，能够找出每个snp位点对应的显著性情况和基因变异信息，接下来，需要根据表格中的信息进行归纳总结，对不同显著性层次进行区分，找出可能性最大的点，过程比较繁琐。是变异类型注释库，包含一一对应的变异信息。
SNP指纹图谱软件SNPT：高效率样品区分与SNP分析
3. 高通量数据分析能力：高通量测序技术能够同时对数以万计的SNP位点进行分析，SNPT软件可以处理这样的大规模数据，并从中提取有用信息。 4. 文档支持：压缩包中的README_03.TXT文件应该提供了软件的使用说明和操作...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

生信与基因组学

每一份鼓励是我坚持下去动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值