比较基因组分析助力大肠杆菌进化研究

近日，派森诺生物与福建医科大学附属协和医院李彬老师课题组合作，在微生物基因组领域的《Frontiers in Microbiology》发表研究成果！本研究针对大肠杆菌的遗传多样性和系统发育进行研究，揭示了大肠杆菌 ST1193 在中国福州和非中国地区传播的不同进化轨迹，进一步支持了在特定引入地理区域之后该谱系的全球传输和本地化谱系扩展。

研究背景

大肠杆菌(E.coli)是最常见的革兰氏阴性细菌性条件致病菌，它主要栖息于人类和其他温血动物的下肠道，在临床和流行病学方面都有极大的挑战。E.coli可导致多种临床感染，包括腹泻、无并发症的尿路感染和败血症等，每年导致全球超过200万人死亡。

在过去的 20 年中，由于E.coli产生超广谱β-内酰胺酶，对氟喹诺酮类和超广谱头孢菌素的耐药性迅速增加，而这种耐药性增加与特定克隆–ST131菌株在全球范围内的传播有关。有研究表明，E.coli ST131在耐氟喹诺酮类E.coli菌株中占近一半，有趣的是，E.coli种群结构是动态的。E.coli ST1193是一种新的序列类型，被报道为一种新兴的耐氟喹诺酮类 (FQ-R) 和有毒的大肠杆菌谱系。该类型菌株通常从动物和人类中分离出来，会导致各种肠外感染，如败血症、尿路感染和脑膜炎等。此外，该谱系的占比在 2010-2017 年期间从 4.4% 急剧上升至 22.2%，其增长频率比 ST131 谱系飙升了五倍，直到现在E.coli ST1193类型菌株成为继E.coli ST131-H30之后的第二个大克隆群。

近年来关于E.coli ST1193的流行病学的研究非常多，但是对这个谱系的进化过程和差异的了解较少。本研究旨在使用全基因组测序检测E.coli ST1193 谱系的菌株水平遗传多样性和系统发育，并在全球范围内深入了解该谱系，调查与抗菌素耐药性 (AMR) 相关的遗传元件