一文读懂：DNA甲基化的作用及各种高通量检测方法比较

DNA甲基化相关定义

DNA甲基化一直以来都是表观遗传学领域研究的重点之一。DNA甲基化（Methylation）是指在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase, 缩写DNMT）的作用下，基因组DNA序列上CpG岛的二核苷酸5′端胞嘧啶转变为5′甲基胞嘧啶（5′ methylcytosine, 缩写5mC）。这种DNA修饰的方式并未改变基因的序列, 但能抑制某些基因的表达。在哺乳动物中，基因组DNA的甲基化可分为两种类型：维持甲基化（maintenance DNA methylation）和重新甲基化（de novo methylation）。维持甲基化是指在甲基转移酶的作用下，DNA的半保留复制过程中，会在子链的相应的位置进行甲基化修饰的过程。重新甲基化是指在甲基转移酶的作用下，原来没有甲基化的DNA双链上，进行甲基化的过程，之后由维持甲基化酶来维持稳定的DNA甲基化状态。对于这两种甲基化机制来说，有两种对应类型的甲基化酶：维持甲基转移酶和重新甲基转移酶。在哺乳动物中，较为常见的DNA甲基化转移酶(DNMT)主要有：DNMTl、DNMT3a、DNMT3b。而去甲基化则可诱导基因的重新活化和表达。


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胞嘧啶甲基化和去甲基化机器的结构域及酶活性（Wu et al. 2014, Cell）


DNA甲基化的作用

DNA甲基化的生物学功能主要可以分为三类：

1）基因组序列C–>T的突变，如很多实体瘤患者出现抑癌基因p53 的突变, 而该基因的很多突变是CpG甲基化后脱氨引起的C–>T突变；

2）影响基因组错配的修复，研究表明DNA错配修复系统(mismatchrepairsystem, MMR)与DNA甲基化有关；

3）基因沉默，即影响基因的表达。


在真核生物中，大约60%~90%的CpG 二核苷酸中的胞嘧啶都呈现出了甲基化状态(Ehrlich et al., 1982)。DNA甲基化在维持正常细胞的功能、雌性个体X染色体失活、寄生DNA序列的抑制、基因组结构稳定、遗传印记、胚胎发育、及肿瘤和疾病的发生、发展紧密相关，具有至关重要的作用。已有的研究表明胚胎的正常发育非常依赖于基因组DNA的适当甲基化，任何一种甲基