介绍
零代码2的分析,更侧重于某一个特定的功能集,进行直接建模,这个功能集可以从文献中挖掘,KEGG 的通路,疾病的相关功能,单细胞分析等等,该工具盒适用面极广。
工具链接:http://www.sxdyc.com/zeroCodeTool
该步骤总共分14个步骤进行
1、TCGA数据整理
该工具主要是用来整理TCGA的数据
整理一下TCGA的临床数据,从TCGA数据下载下载临床数据
第一列为样本名,第二列为生存时间,第三列为生存状态,前三列顺序不能变。
运行成功后,即可进行下一步
2、关键基因集表达
该步主要用来分析基因集癌组织和癌旁组织表达情况,这里以箱线图和热图进行展示(示例数据中提供给大家的TGF-β通路,大家可以换成自己感兴趣的功能集进行分析)
基因集长什么样子呢?只要包含一列就可以了
设置图片的颜色,大小,数据是否进行log转化,即可提交,等待运行成功即可