1400种代谢物和肠道微生物与疾病的孟德尔随机化分析来了！！！

最新推荐文章于 2024-09-13 17:56:14 发布
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分类专栏： 工具使用 文章标签： 数据挖掘 深度学习 机器学习 云计算 python
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该工具于免疫细胞与疾病的MR类似，也是分了三步进行，话不多说，直接上工具。

图片

1400种代谢物与疾病的MR

工具链接：1400种代谢物与疾病的MR

第一步：删除弱工具变量

通过F值的阈值进行过滤，删除弱工具变量，默认这里以10为阈值

注意：

  • 该工具从PMC7614162中获取1400种代谢的GWAS数据，结合结局数据，筛选影响结局的关键的代谢物有哪些。
  • 从 href="https://gwas.mrcieu.ac.uk/ 网站中查找结局的GWAS数据ID
  • 计算的过程中，去除连锁不平衡的SNP，并使用F检验弱化工具变量，以F值>10进行过滤, 删除弱工具变量
  • exposure.F.csv通过F值>10过滤后的文件

第二步：代谢物孟德尔随机化

选择任务队列后，输入/上传结局数据，输入结局变量的名字

注意：

  • 该工具从PMC7614162中获取1400种代谢的GWAS数据，结合结局数据，筛选影响结局的关键的代谢物有哪些。
  • 从 IEU OpenGWAS project 网站中查找结局的GWAS数据ID
  • SNP.csv用于孟德尔分析的snp文件
  • MRresult.csv孟德尔随机化的结果
  • heterogeneity.csv异质性分析结果
  • pleiotropy.csv多效性检验结果
  • filter.cell.csv与结局相关的免疫细胞

第三步：输出可视化结果

其中包括了散点图，森林图等等

肠道微生物与疾病的MR

工具链接：肠道微生物与疾病的MR

也是一样的，分成了三个步骤

在运行分析的过程中，其中第二步是最慢，需要耐心的等待

当然如果在文章中看到一些比较好看的图，想要实现这种工具，可以留言于豆芽论坛中！！！

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