Linux下安装R-4后安装Bioconductor的edgeR包

安装R-4下BiocManager (3.11)的edgeR包

实质是:edgeR属于Bioconductor的包,要先安装这个,然后再在Bioconductor下安装edgeR。由于R升级到4,因此,Bioconductor也变成了BiocManager。

步骤

  1. 需要预先安装R-4.0以上 (目前是R-4.0.2)
  2. 进入R环境: R
  3. 输入:> if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE)) # TRUE or FALSE 均可。
    install.packages(“BiocManager”)
  4. 此时会让选择镜像以安装BiocManager,根据个人偏好选择,国内镜像可能快点。
  5. 选择后等待安装结束。
  6. BiocManager::install(version = “3.11”) # 指定3.11版本。
  7. 加载BiocManager:library(“BiocManager”)
  8. 安装edgeR:install(“edgeR”) #此时使用的是BiocManager的命令,因此不能用install.packages(“edgeR”)。
  9. 安装结束。
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