cellranger-atac 操作笔记-2：映射单细胞ATAC数据

韩建刚（CAAS-UCD）

已于 2022-06-12 18:05:48 修改

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分类专栏：单细胞分析文章标签：生物信息学

于 2022-06-01 08:58:39 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/flashan_shensanceng/article/details/125053156

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本文介绍了cellranger-atac的输入测序文件命名规则，遵循与cellranger分析相同的标准，涉及R1, R2, R3和I1等文件类型。文章还列举了重要参数，如--id, --reference, --fastqs和--sample，并展示了如何运行分析命令。此外，提到一个25G数据量的分析大约需要24小时，并指出主要结果保存在outs目录下。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1. cellranger-atac 输入测序文件命名规则参考cellranger 分析数据命名规则，两者一致。

cellranger 分析数据命名规则_韩建刚（CAAS-UCD）的博客-CSDN博客

一个样本名文件夹包含所有该样本的测序数据，单个lane或多个lane，多个样本名文件夹放在同一个文件夹下。如下：是两个lane对同一样本的测序数据，放在同一个以样本名为前缀的文件夹下，R1，R2，R3，I1分别代表read 1，barcode，read 2 和 sample index。这些分别代表什么可以详细的阅读10X ATAC文库构建流程。

tree 201858A_samplename_A

201858A_samplename_A/
├── 201858A_samplename_A_S2_L001_I1_001.fastq.gz
├── 201858A_samplename_A_S2_L001_R1_001.fastq.gz
├── 201858A_samplename_A_S2_L001_R2_001.fastq.gz
├── 201858A_samplename_A_S2_L001_R3_001.fastq.gz
├── 201858A_samplename_A_S5_L001_I1_001.fastq.gz
├── 201858A_samplename_A_S5_L001_R1_001.fastq.gz
├── 201858A_samplename_A_S5_L001_R2_001.fastq.gz
└── 201858A_samplename_A_S5_L001_R3_001.fastq.gz

0 directories, 8 files

2. 几个重要参数

--id=ID	# 输出文件名
--reference=PATH # 参考基因组文件夹路径	
--fastqs # 测序数据文件路径
--sample # 指定要分析的样品

3. 将ATAC数据比对到参考基因组，依据数据量大小，运行时间不等，25G数据量运行了24h左右，如果运行速度慢，时间会更长

cellranger-atac count --id=output_name \
                        --reference=/path/to/reference/folder \
                        --fastqs=/path/to/seq_data/folder \
                        --sample=mysample \
                        --localcores=8 \
                        --localmem=64

4. 输出文件，主要结果保存在outs中，输出文件内容在下一篇博客