参考基因组中的特殊序列

若参考基因组序列不包含chr*random 和 chrUn序列，原来属于chrrandom 和 chrUn的read可能比对到chr1-22，chrX，chrY上相似区域，造成假阳性比对，后续这些reads提供的信息不可靠。通过增加这一部分参考序列，使来自这些区域的reads正确比对，减少假阳性。后续分析不考虑chrrandom 和 chrUn*。

human GRCh37
“unlocalized sequences”：知道染色体但不知具体位置的序列
“unplaced sequences”：知道来自人类基因组序列，但不知与染色体的关系
“alternate loci”：来自基因组特定区域，代表该区域序列的多样性
human hg19…
“chr*_random sequences” : 知道来自哪条染色体但不知具体位置的序列

The chr*_random sequences are unplaced sequence on those reference chromosomes.

“chrUn_* sequences” : 知道来自人类基因组序列，但不知与染色体的关系

The chrUn_* sequences are unlocalized sequences where the corresponding reference chromosome has not been determined.

高粱super，玉米scoffold
基因组组装时部分片段无法挂载到染色体上，因此除了染色体外还有一些片段留在参考基因组当中，有的基因组将这些片段之间加N链接成super序列，也有的直接不处理以scoffold出现
水稻sy和un
Sequences from BACs and the Syngenta assembly of Nipponbare that could not be anchored are on separate pseudomolecules, the Unanchored and the Syngenta chromosomes.