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maftools画棒棒糖图 (Lollipop chart)
前言
棒棒糖图,就是长得像棒棒糖一样的图(一句废话),和柱形图,散点图想要表达的意思是一致的,不过展示会更加好看一点,是点图geom_point()和堆叠图geom_segment()的组合
绘图工具
R语言
maftools画棒棒糖图 (Lollipop chart)
随着癌症基因组学的进步,突变注释格式(MAF)被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变体。 癌症基因组图谱项目对30多种不同的癌症进行了测序,每种癌症类型的样本量超过200种。由体细胞变体组成的结果数据以MAF格式形式存储。 只要数据采用MAF格式,该软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总,分析,注释和可视化MAF文件.
使用前要先将文件转换为maf格式,对于VCF格式文件,可以使用vcf2maf进行格式转换.
maf文件