multiqc v1.6

MultiQC 是一个基于 Python的模块, 用于整合其它软件的报告结果

参数

-x, --ignore    指定的文件、文件夹不进行统计
--ignore-samples    忽略指定的样本

-l, --file-list    文件每行对应一个文件

-n, --name    更改输出文件的名称

-o, --outdir    指定输出目录

-f, --force    覆盖同名报告

-v, --verbose    当存在两个同名的文件时，增加此参数可以区别两者，避免前者的数据被后者所覆盖

-t, --template    指定报告输出模板，有default|default_dev|geo|sections|simple

--pdf    指定输出文件是PDF文件，默认输出是HTML文件，此参数需搭配参数-t simple, 且pandoc模块必须存在，否则无法生成pdf

-k, --data-format  解析数据目录，默认格式是：tsv; 此参数主要针对有大量样本需要处理

--data-dir    指定生成数据目录，默认
--no-data-dir     指定不生成数据目录 

-z, --zip-data-dir    压缩data directory

-m, --modules [module name]   运行指定模块
-e, --exclude [module name]   除指定模块，其他模块均运行 

运行

在对应目录下直接运行，也可以对多个文件夹下的结果进行统计

multiqc *.zip

支持整合结果的软件

Pre-alignment tools 

Alignment tools 

Post-alignment tools