HPAanalyze下载病理IHC然后qupath半定量分析（补全）

hx2024

已于 2024-03-16 20:01:05 修改

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分类专栏：肿瘤生信分析文章标签：服务器 linux 大数据

于 2024-03-16 19:45:14 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/hx2024/article/details/136765493

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关于HPAanalyze病理数据IHC切片数据的下载HPA数据库及HPAanalyze包使用-CSDN博客

测试乳腺癌中的Ki67染色免疫组化切片：

数据下载

先查询：Ensembl:ENSG00000148773

MKI67 marker of proliferation Ki-67 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI (nih.gov)

##测试KI 67数据进行分析##
rm(list = ls())
library(BiocStyle)
library(HPAanalyze)
library(dplyr)
ki67xml <- hpaXmlGet("ENSG00000148773")##输入查询基因的ENS-id
##抗体信息查询
ki67_ab <- hpaXmlAntibody(ki67xml)#提取用于特定蛋白质的抗体的信息
ki67_ab##查看蛋白结果信息

#从hpaXmlGet（）生成的导入xml文档中提取每个样本的组织表达信息和url以下载图像
ki67_expr <- hpaXmlTissueExpr(ki67xml)
data <- ki67_expr[[1]]##查看该抗的样本具体信息

##可以直接使用链接下载病理图像数据
ki67xml <- hpaXmlGet("ENSG00000148773")##输入查询基因的ENS-id
##抗体信息查询
ki67_ab <- hpaXmlAntibody(ki67xml)#提取用于特定蛋白质的抗体的信息
ki67_ab##查看蛋白结果信息

#从hpaXmlGet（）生成的导入xml文档中提取每个样本的组织表达信息和url以下载图像
ki67_expr <- hpaXmlTissueExpr(ki67xml)
data <- ki67_expr[[1]]##查看该抗的样本具体信息

dir.create("img")
for (i in 1:nrow(ki67_expr[[1]])) {
  download.file(ki67_expr[[1]]$imageUrl[i],
                destfile = paste0("img/", ki67_ab$id[1], "_",
                                  ki67_expr[[1]]$patientId[i], "_",
                                  ki67_expr[[1]]$tissueDescription2[i],
                                  ## the extra i below ensures unique file name
                                  i, ".jpg"),
                mode = "wb")
}

抗体

各种抗体的样本数据

ki67_expr <- hpaXmlTissueExpr(ki67xml)
data <- ki67_expr[[1]]##查看该抗的样本具体信息

通过连接直接下载需要的样本IHC数据

下载一个正常乳腺组织的IHC

#首先获取该抗体的所有样本信息
#提取所需的样本ID信息
data4 <- data3[data3$patientId=="3856",]
data5 <- data4[,c(1:3,8:10,14,15)]##提取所需的列信息

#http://images.proteinatlas.org/1164/155486_B_3_4.jpg

通过链接下载：http://images.proteinatlas.org/1164/155486_B_3_4.jpg

将网页图片另存为

这样就能从HPA数据库下载自己所需要的样本IHC，而不用从在线HPA网页端截图

在下一个该抗体肿瘤的样本：

http://images.proteinatlas.org/1164/155482_A_6_3.jpg

qupath分析

数字病理图像分析的开源软件qupath学习 ①-CSDN博客

Cell detection — QuPath 0.5.1 documentation

抗体知识补充：

IHC（免疫组化）抗体染色阳性细胞的颜色通常是棕色或者蓝色。这取决于所使用的染色方法和染色剂的选择。在常见的IHC染色方法中，一种常用的染色剂是二氨基苯基丙酮（DAB），它会产生棕色的沉淀物。当抗体与目标蛋白结合后，使用DAB作为底物，酶标记的二抗会催化DAB的氧化反应，形成棕色的沉淀物，从而标记出阳性细胞。另一种常用的染色剂是碱性磷酸酶（AP）或过氧化物酶（HRP）标记的二抗，它们可以催化显色底物的反应。在这种情况下，显色底物可以是硝基蓝（NBT）或溴化硝基蓝（BCIP），它们会产生蓝色的沉淀物。因此，IHC抗体染色阳性细胞通常呈现棕色或蓝色，具体颜色取决于所使用的染色方法和染色剂的选择。

将正常组织的图片导入qupath：先圈出ROI区域

Analyze ‣ Cell detection ‣ Positive cell detection