胃癌蛋白质基因组学特征（文献）

目录

摘要

数据获取

基因组学和蛋白质组学分析

体细胞SNV的蛋白质基因组学分析

癌症相关mRNA与蛋白质丰度变化之间的相关性

 通过综合蛋白质基因组学分析推断的 EOGC 亚型

EOGC 亚型相关的蜂窝网络

与非同义体细胞突变相关的 N-糖基化

讨论

Proteogenomic Characterization of Human Early-Onset Gastric Cancer - ScienceDirect

摘要

报告了年轻人群中弥漫性胃癌 （GC） 的蛋白质基因组学分析。磷酸化蛋白质组数据基于突变-磷酸化相关性阐明了与体细胞突变相关的信号通路。此外，mRNA和蛋白质丰度之间的相关性提供了与患者生存相关的潜在致癌基因和肿瘤抑制因子。此外，mRNA、蛋白质、磷酸化和 N-糖基化数据的整合聚类确定了弥漫性 GC 的四种亚型。4种亚型分别与增殖、免疫应答、代谢和侵袭相关;亚型与免疫和侵袭相关途径的关联主要通过磷酸化和 N-糖基化数据来鉴定。因此，我们的蛋白质基因组学分析提供了基因组分析以外的其他信息，这可以提高对弥漫性GC中癌症生物学和患者分层的理解。

数据获取

本研究中生成的外显子组和 mRNA 测序数据分别可在 NCBI SRA （NCBI SRA： PRJNA505380） 和 GEO （GEO： GSE122401） 数据库中找到，基于质谱的全局、磷酸化和 N-糖蛋白组学数据可在 CPTAC 数据门户 （https://cptac-data-portal.georgetown.edu） 中获得。

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基因组学和蛋白质组学分析

我们从 80 名 45 岁以下的 EOGC 患者中收集了配对的肿瘤和邻近正常组织以及血液样本（图 S1A）。这80个肿瘤包括74个弥漫性肿瘤、3个肠道肿瘤、2个混合型肿瘤和1个炎性成肌细胞肿瘤（表S1;图 S1对于每位患者，对肿瘤和外周血单核细胞 （PBMC） 进行外显子组测序。还对患者的配对肿瘤和邻近正常组织进行了 mRNA 测序。此外，使用液相色谱-串联MS分析对配对肿瘤和邻近正常组织进行全局蛋白质组、磷酸化蛋白组和N-糖蛋白组分析（图S1C和S1D）。

体细胞SNV的蛋白质基因组学分析

从80名患者的外显子组测序数据中，在4,982个基因中鉴定出7,079个在肿瘤中检测到但未在同一患者的PBMC中检测到的非同义体细胞SNV。其中，体细胞突变数据库中报告了1,568个体细胞SNV。在剩余的SNV中，有1,421个被报告为种系SNV，其余4,090个SNV以前未被报道。

图 1.非同义体细胞SNV的蛋白质基因组学分析

（A） 个体患者每兆碱基的突变数（上图）、每位患者显著突变基因的突变类型（右中）、80 名患者中每个基因的突变频率（左中）以及每位患者的临床和组织学参数（下图）。MSS 和 MSI GC 分别显示在灰线的左侧和右侧。请注意，MSS 和 MSI 病例使用每位患者的不同突变事件量表。

（B） 比较指定队列中三组 GC 中 9 个基因的非同义体细胞 SNV 频率。星号表示 EOGC 中频率