胃癌ALKBH1单基因多组学（空间转录组+单细胞+TMA验证）

目录

1， ALKBH1的遗传改变

2，ALKBH1的临床病理意义及预后价值

3，空间转录组分析（重点）

4，单细胞分析

5， ALKBH1 与TME细胞浸润相关

6，TMA 验证 ALKBH1与CD163 （巨噬细胞）浸润相关性

7，泛癌分析

8， GDSC药敏预测

单基因的多组学研究：亮点，通过在线数据库+单细胞+空间转录组数据进行多组学分析，使用TMA验证基因与相关细胞浸润的关系。

AlkB 同源物 1，组蛋白 H2A 双加氧酶 （ALKBH1） 是一种参与人类 RNA 去甲基化的关键酶，在各种细胞过程中发挥着重要作用。虽然它在肿瘤进展中的作用已得到充分证实，但它对胃腺癌 （STAD） 的特异性贡献仍然难以捉摸。本研究旨在探讨ALKBH1的临床和病理相关性，其对肿瘤免疫微环境的影响，以及其在STAD中精准肿瘤学的潜力。

1， ALKBH1的遗传改变

cBioPortal 数据库分析

不同ALKBH1表达水平的遗传变异的分析

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2，ALKBH1的临床病理意义及预后价值

主要通过HPA数据库及KM在线数据进行分析

HPA数据库及HPAanalyze包使用-CSDN博客

HPAanalyze下载病理IHC然后qupath半定量分析（补全）_qupath分析组化-CSDN博客

基因查询常用汇总网（多数据库）-CSDN博客

ALKBH1在临床胃癌中的病理变化分析。基于人类蛋白质图谱对不同患者 STAD 组织样本中 ALKBH1 蛋白表达水平的免疫组织化学分析。B-I Kaplan-Meier 生存分析表明总生存期 （OS） 基于 ALKBH1 的低/高表达 C 进展后生存期 （PPS）、D 无进展生存期 （PFS）、E 肠道、F 弥漫性、G 混合、H HER + 、I HER−。所有生存分析均基于6个GEO数据集。

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3，空间转录组分析（重点）

利用从先前研究（PMID：35931863）获得的空间转录组学（ST）数据，并聚合每个bin100定义点中的UMI。然后对结果进行分析和可视化，以确定ALKBH1、AQP1和PECAM1的表达水平和空间分布。使用 RunPCA、FindNeighbors 和 FindClusters 函数对相似的 ST 点进行聚类和降维。基于H&E切片进行聚类注释，然后使用细胞标记进行进一步注释。由于一些簇表现出多个细胞标志物的高表达，我们利用ssGSEA算法根据不同簇的平均表达基质对常见细胞类型进行评分。

Cancer cell states recur across tumor types and form specific interactions with the tumor microenvironment - PubMed (nih.gov)

YanaiLab (github.com)

STAD 中空间转录组定义的集群的基因表达。A 通过空间转录组学分析组织切片以确定集群，并通过苏木精和伊红染色及集群图显示与形态学的正确配准。B 使用 10X Visium 空间基因表达技术观察不同组织切片中 ALKBH1、AQP1 和 PECAM1 的空间位置和基因变化。方框 i 和方框 ii 中各基因的变化以放大图像显示。C 用点图显示不同群组的基因表达水平。D 用方框图显示三个基因的表达变化。

4，单细胞分析

单细胞 RNA 测序分析可识别免疫细胞群。A和B显示了在公共数据集中发现的每种细胞类型的相对比例，以及数据库中存在的整合免疫细胞的比例。C和D使用统一流近似和投影（UMAP）技术直观地表示GSE162115数据集中的 STAD 细胞，并根据聚类进行颜色编码。E使用 UMAP 图直观显示 ALKBH1 的表达集群，并对其进行基因组富集分析（GSEA）F炎症反应、G通过 NFkB 的 TNFA 信号转导和H异生物代谢。I通过单细胞 RNA 测序，用 UMAP 图和条形图显示了 GSE1599929 数据集中胎盘组织群的视觉表现。J热图中显示了不同单细胞类型组织簇中 ALKBH1 基因和细胞类型生物标记物的表达情况

5， ALKBH1 与TME细胞浸润相关

肿瘤微环境异质性对治疗反应的影响（综述）-CSDN博客

通过使用差异表达基因 （DEG） 进行基因集富集分析 （GSEA） 来研究 ALKBH1 和 STAD 之间的潜在相关性。我们从图中所示的单细胞RNA测序数据库中鉴定了与巨噬细胞高度相关的簇。然后进一步分析与巨噬细胞相关性。

研究ALKBH1对肿瘤免疫微环境(TIME)的影响。如图所示，使用GSE162115数据库进行免疫浸润的免疫学分析。此外，生成了一个热图来证明在人胃癌细胞中ALKBH1表达和免疫浸润之间的联系。一张热图展示了人类癌症中ALKBH1表达和淋巴细胞浸润之间的相关性。

TIMER数据库在线分析

探索 ALKBH1 与 STAD 免疫浸润之间的联系。A 探讨了ALKBH1水平与各种巨噬细胞亚型的关系。B 研究了ALKBH1与巨噬细胞相关基因的相关性。C 不同ALKBH1表达对免疫细胞的影响。D 巨噬细胞和 ALKBH1 mRNA 表达的 Kaplan-Meier 图，以可视化 STAD 的生存差异。E Gene_Mutation模块评估多种癌症类型中 ALKBH1 基因突变的发生率。介绍了突变谱和免疫原性分析的示例。F ALKBH1突变与巨噬细胞相关性分析

6，TMA 验证 ALKBH1与CD163 （巨噬细胞）浸润相关性

为了验证 ALKBH1 与 STAD 中巨噬细胞之间的关系，我们对 TMA 中整个 STAD 进行了 ALKBH1、CD163 和 DAPI 的三重标记免疫荧光研究。将STAD TMA样品分为早期和晚期，采用全景组织扫描分析其荧光强度。

研究 STAD 进展期间肿瘤活检中 ALKBH1 和 CD163 表达之间的相关性。用 ALKBH1、CD163 和 DAPI 的免疫荧光对整个 TMA 进行三重标记，然后进行全景组织扫描。B 采用Pearson相关系数显示ALKBH1和CD163荧光信号的重叠值。C 使用散点图来说明每个患者读数的 ALKBH1 和 CD163 之间的归一化 Spearman 相关性。D CIBERSORT数据集中STAD中ALKBH1和CD163表达之间的相关性以散点图的形式显示。** p < 0.01

7，泛癌分析

ALKBH1 在多种癌症类型中的临床意义的生物信息学验证。

8， GDSC药敏预测

箱线图 B-G 描绘了六种药物（即 Elesclomol、Vinorelbine、Alisertib、ZM447439、RU-SKI 43 和 FTY-720）的半最大抑制浓度 （IC50） 值的对数，这些药物显示出改变的效力

文献：Spatial and single-cell analyses uncover links between ALKBH1 and tumor-associated macrophages in gastric cancer